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- PDB-4kzk: The structure of the periplasmic L-arabinose binding protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kzk
タイトルThe structure of the periplasmic L-arabinose binding protein from Burkholderia thailandensis
要素L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / L-arabinose / BETA-D-GALACTOSE / ABC transporter / periplasmic binding protein / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Sugar binding
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
L-arabinose-binding periplasmic protein / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / L-arabinose-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of the periplasmic L-arabinose binding protein from Burkholderia thailandensis
著者: Clifton, M.C. / Fairman, J.W.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7502
ポリマ－35,5691
非ポリマー1801
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.770, 51.820, 59.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein


分子量: 35569.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH_II1196 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T607
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50% MPD, 200mM Ammonium Phosphate, 100mM Tris pH8.5, 14.8mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月10日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.73 Å / Num. obs: 11596 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.707 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 21.42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.95-20.4376.7511845836100
2-2.060.3747.8911425800100
2.06-2.120.3069.7411224787100
2.12-2.180.27410.8610931770100
2.18-2.250.22912.8410432738100
2.25-2.330.21113.7410496739100
2.33-2.420.18814.989785694100
2.42-2.520.16517.359445671100
2.52-2.630.14718.979168650100
2.63-2.760.13619.878790629100
2.76-2.910.10625.18438603100
2.91-3.080.09227.57822566100
3.08-3.30.08130.797418539100
3.3-3.560.06337.776814504100
3.56-3.90.05839.346208462100
3.9-4.360.0543.375701440100
4.36-5.040.04647.915029380100
5.04-6.170.0637.294349337100
6.17-8.720.0540.843380273100
8.720.03847.33183917898.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.95 Å48.01 Å
Translation1.95 Å48.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ABP

5abp


解像度: 1.5→43.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.1688 / WRfactor Rwork: 0.1405 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8886 / SU B: 2.578 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / SU Rfree: 0.1108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1925 2142 5.1 %RANDOM
Rwork0.1696 ---
obs0.1708 -99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.77 Å2 / Biso mean: 17.7108 Å2 / Biso min: 6.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0 Å2-0.84 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2235 0 12 344 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9533180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76635095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3055312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81123.91897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.44815355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9241516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4580.8281215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4460.8271214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7721.2411520
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 157 -
Rwork0.243 2976 -
all-3133 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01580.58981.16481.76860.6371.5290.1786-0.3481-0.11380.2209-0.0953-0.09470.0857-0.2201-0.08330.0561-0.0240.00050.08670.03310.0266-2.8423.198171.8225
21.71780.59361.47032.45040.60042.17030.1610.0269-0.2410.1964-0.0047-0.53770.14190.125-0.15630.03580.015-0.05730.03060.00960.16527.585318.408867.5127
31.04130.26520.12070.97360.11421.2324-0.0540.1054-0.0305-0.15070.05360.0011-0.05260.01090.00050.0421-0.00830.00120.0222-0.00040.0364-9.225719.640843.755
41.38610.98470.51810.89180.69320.74680.196-0.1475-0.25240.2233-0.1053-0.16680.2161-0.0502-0.09070.1179-0.0212-0.04740.04520.0610.1224-7.26339.299266.171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3A139 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4A289 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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