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- PDB-4kyi: Crystal structure of the phospholipase VipD from Legionella pneum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kyi
タイトルCrystal structure of the phospholipase VipD from Legionella pneumophila in complex with the human GTPase Rab5
要素
  • Ras-related protein Rab-5C
  • VipD
キーワードprotein binding/transport protein / Phospholipase / protein binding-transport protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane to endosome transport / neutrophil degranulation / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TBC/RABGAPs / azurophil granule membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of endocytosis / endocytic vesicle / endomembrane system ...plasma membrane to endosome transport / neutrophil degranulation / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TBC/RABGAPs / azurophil granule membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of endocytosis / endocytic vesicle / endomembrane system / lipid catabolic process / lipid droplet / intracellular protein transport / endocytosis / GDP binding / melanosome / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / early endosome / hydrolase activity / endosome / lysosomal membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Small GTPase / Ras family / Small GTP-binding protein domain ...Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Small GTPase / Ras family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-5C / VipD
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.075 Å
データ登録者Lucas, M. / Gaspar, A.H. / Pallara, C. / Rojas, A.L. / Fernandez-Recio, J. / Machner, M.P. / Hierro, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the recruitment and activation of the Legionella phospholipase VipD by the host GTPase Rab5.
著者: Lucas, M. / Gaspar, A.H. / Pallara, C. / Rojas, A.L. / Fernandez-Recio, J. / Machner, M.P. / Hierro, A.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VipD
B: Ras-related protein Rab-5C
C: VipD
D: Ras-related protein Rab-5C
E: VipD
F: Ras-related protein Rab-5C
G: VipD
H: Ras-related protein Rab-5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,91925
ポリマ－320,0858
非ポリマー2,83517
水00
1
A: VipD
B: Ras-related protein Rab-5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,00010
ポリマ－80,0212
非ポリマー9798
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: VipD
D: Ras-related protein Rab-5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5684
ポリマ－80,0212
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: VipD
F: Ras-related protein Rab-5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7226
ポリマ－80,0212
非ポリマー7014
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: VipD
H: Ras-related protein Rab-5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6305
ポリマ－80,0212
非ポリマー6093
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.275, 97.976, 109.849
Angle α, β, γ (deg.)76.570, 80.710, 78.910
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
VipD


分子量: 61229.688 Da / 分子数: 4 / 断片: unp Residues 19-564 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: vipD, lpg2831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZRP9
#2: タンパク質
Ras-related protein Rab-5C / L1880 / RAB5L


分子量: 18791.492 Da / 分子数: 4 / 断片: unp Residues 18-182 / Mutation: Q80L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB5C, RABL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51148

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月22日 / 詳細: Compound Refractive Lenses
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→30 Å / Num. obs: 67490 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 81.195 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.07-3.260.6312.09365571027092.6
3.26-3.480.3323.89359011028598.5
3.48-3.760.1866.8833636955398.4
3.76-4.110.09812.4631702887598.7
4.11-4.580.05719.6127938801998.7
4.58-5.270.04226.2425148708298.8
5.27-6.40.0427.2420999598698.8
6.4-8.860.02344.2916399470098.2
8.860.01472.199541272093.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.075→29.827 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7335 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 33.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2803 3407 5.05 %Random
Rwork0.2329 ---
obs0.2353 67479 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.87 Å2 / Biso mean: 54.2796 Å2 / Biso min: 0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.075→29.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21659 0 174 0 21833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63129922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6018325
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0748-3.11870.40571190.38112037215676
3.1187-3.16520.46381380.35442707284598
3.1652-3.21460.3971340.34552697283198
3.2146-3.26720.36161520.33432720287298
3.2672-3.32350.36991420.32072689283199
3.3235-3.38390.35631440.31282715285998
3.3839-3.44880.33171490.30132639278899
3.4488-3.51910.34631500.28732695284598
3.5191-3.59550.37881600.2992672283298
3.5955-3.6790.3651260.28212723284998
3.679-3.77090.34231230.2762739286299
3.7709-3.87260.37721360.25682667280399
3.8726-3.98630.30571410.24212708284999
3.9863-4.11470.28771300.23492757288799
4.1147-4.26130.27591480.22412692284099
4.2613-4.43140.26831540.22172690284499
4.4314-4.63240.26231260.21542706283299
4.6324-4.87560.26551560.2142707286399
4.8756-5.17960.29931490.2172711286099
5.1796-5.57710.26531440.22342687283199
5.5771-6.1340.2731500.23522720287099
6.134-7.01150.28081520.22182686283899
7.0115-8.7960.19731360.17712695283198
8.796-29.8280.17711480.16242613276196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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