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- PDB-4kyb: Crystal Structure of de novo designed serine hydrolase OSH55.14_E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kyb
タイトルCrystal Structure of de novo designed serine hydrolase OSH55.14_E3, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR342
要素Designed Protein OR342
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR342
機能・相同性Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.909 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Lee, D. / Raja, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Lee, D. / Raja, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR342
著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Lee, D. / Raja, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed Protein OR342
B: Designed Protein OR342
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8546
ポリマ－35,4752
非ポリマー3804
水543
1
A: Designed Protein OR342
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9273
ポリマ－17,7371
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Designed Protein OR342
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9273
ポリマ－17,7371
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.054, 76.401, 132.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,. kD,0%

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要素

#1: タンパク質 Designed Protein OR342


分子量: 17737.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:0.1 M Potassium phosphate-monobasic (KH2PO4) 0.1 M HEPES, PEG 8000 40% (w/v) , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:0.1 M Potassium phosphate-monobasic (KH2PO4) 0.1 M HEPES, PEG 8000 40% (w/v) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 6944 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 10.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ESS

4ess


解像度: 2.909→29.31 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.753 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 29.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 346 5.03 %random
Rwork0.201 ---
obs0.206 6875 95.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.78 Å2 / Biso mean: 51.146 Å2 / Biso min: 23.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.909→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 20 3 2361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1433248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.46886
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.909-3.6640.3541620.2293070323292
3.664-29.3120.2691840.1843459364398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.5275 Å / Origin y: 11.1258 Å / Origin z: -36.5875 Å
111213212223313233
T0.287 Å20.0072 Å2-0.0064 Å2-0.3116 Å2-0.001 Å2--0.3051 Å2
L1.0483 °20.1307 °20.5918 °2-0.2967 °20.0773 °2--1.5236 °2
S0.0306 Å °-0.069 Å °-0.0111 Å °-0.0701 Å °-0.036 Å °0.0177 Å °-0.0194 Å °0.1258 Å °-0.0183 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 156
3X-RAY DIFFRACTION1all1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION1allN1
5X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 202
6X-RAY DIFFRACTION1allT1
7X-RAY DIFFRACTION1allG1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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