PDB-4kxh: The X-ray crystal structure of a dimeric variant of human pancrea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kxh

タイトル

The X-ray crystal structure of a dimeric variant of human pancreatic ribonuclease

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Pica, A. / Merlino, A. / Mazzarella, L. / Sica, F.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional domain swapping and supramolecular protein assembly: insights from the X-ray structure of a dimeric swapped variant of human pancreatic RNase.
著者: Pica, A. / Merlino, A. / Buell, A.K. / Knowles, T.P. / Pizzo, E. / D'Alessio, G. / Sica, F. / Mazzarella, L.

履歴

登録	2013年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kxh.cif.gz	112.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kxh.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kxh_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kxh_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	4kxh_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	4kxh_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/4kxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/4kxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cy5-d 1zqz-d 1jn3-d 2o3s-2 3g3z-d 2bpc-d 2n13-d 4lk4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

C: Ribonuclease pancreatic

D: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

57.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribonuclease pancreatic

D: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.506, 74.319, 128.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 125 / Label seq-ID: 6 - 120

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / HP-RNase / RIB-1 / RNase UpI-1 / Ribonuclease 1 / RNase 1 / Ribonuclease A / RNase A 分子量: 14123.961 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 29-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASE1, RIB1, RNS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 19485 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CCP4	suite (iMosflm)	精密化
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→19.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 10.176 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24587	992	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.20074	18448	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3832	0	69	211	4112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.946	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	3.008	8352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.291	5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.41	23.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.815	15	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.19	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6763	0.04
1	2	B	6763	0.04
2	1	A	6489	0.1
2	2	C	6489	0.1
3	1	A	6518	0.09
3	2	D	6518	0.09
4	1	B	6481	0.09
4	2	C	6481	0.09
5	1	B	6480	0.09
5	2	D	6480	0.09
6	1	C	6645	0.07
6	2	D	6645	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.696→2.765 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.402	-
R_work	0.277	1304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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