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万見
- PDB-4kx4: Crystal structure of Escherichia coli glutaredoxin 2 complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kx4
タイトルCrystal structure of Escherichia coli glutaredoxin 2 complex with glutathione
要素Glutaredoxin-2
キーワードELECTRON TRANSPORT / glutaredoxin 2 / glutathione
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione disulfide oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin-2 / Glutaredoxin 2, C-terminal / Glutaredoxin 2, C terminal domain / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutaredoxin-2 / Glutaredoxin 2, C-terminal / Glutaredoxin 2, C terminal domain / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / GLUTATHIONE / Glutaredoxin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ye, J. / Venkadesh, S. / Rosen, B.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of E.coli glutaredoxin 2 with glutathione and of a mutant C9S/C12S without glutathione
著者: Ye, J. / Venkadesh, S. / Rosen, B.P.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8953
ポリマ－24,5271
非ポリマー3672
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.100, 50.100, 152.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

21A-639-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutaredoxin-2 / Grx2


分子量: 24527.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: grxB, b1064, JW1051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC59
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 4 mM glutathione, 20 mM sodium arsenate, 100 mM sodium citrate, 200 mM ammonium acetate and 30 % PEG 4000, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→22.47 Å / Num. all: 30258 / Num. obs: 28685 / % possible obs: 94.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2853 / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→22.469 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 1492 5.21 %RANDOM
Rwork0.1635 ---
obs0.165 28634 94.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 24 301 2047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2352403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.735678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.65170.1924760.15281394X-RAY DIFFRACTION54
1.6517-1.71070.20111390.1612222X-RAY DIFFRACTION88
1.7107-1.77920.19771410.16292533X-RAY DIFFRACTION99
1.7792-1.86020.19351400.1642568X-RAY DIFFRACTION100
1.8602-1.95820.21391530.17232558X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.08080.21341500.15932599X-RAY DIFFRACTION100
2.0808-2.24130.18781550.15792547X-RAY DIFFRACTION100
2.2413-2.46660.20441230.16532630X-RAY DIFFRACTION100
2.4666-2.82290.22551500.18052608X-RAY DIFFRACTION100
2.8229-3.55430.18411390.1712674X-RAY DIFFRACTION100
3.5543-22.47120.15621260.15052809X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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