PDB-4kwx: Linear structure of the Holliday junction sequence (TCGGCGCCGA)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kwx

タイトル

Linear structure of the Holliday junction sequence (TCGGCGCCGA)

要素

5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

キーワード

DNA / linear DNA / palindrome sequence

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Skamrova, G. / Laponogov, I. / Campbell, N. / Neidle, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Linear structure of the Holliday junction sequence (TCGGCGCCGA)
著者: Skamrova, G. / Laponogov, I. / Campbell, N. / Neidle, S.

履歴

登録	2013年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kwx.cif.gz	81.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kwx.ent.gz	61.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kwx_validation.pdf.gz	394.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kwx_full_validation.pdf.gz	394.7 KB	表示
XML形式データ	4kwx_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	4kwx_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gnk 3gom 3goo
類似構造データ	1qc1-d 1zfb-d 1cgc-d 1zff-1 1cw9-2 252d-d 1lu5-d 196d-d 1dcv-d 123d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

B: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

C: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

D: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

E: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

F: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

ヘテロ分子

18.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

B: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.16 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

D: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

F: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.410, 34.490, 34.690
Angle α, β, γ (deg.)	101.28, 103.21, 103.81
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: DNA鎖	5'-D(TPCPGPGPCPGPCPCPGPA)-3' 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Holliday junction sequence
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.75-1.5 mM DNA, 40-60% MPD, magnesium chloride, potassium chloride, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月4日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→32.57 Å / Num. all: 31546 / Num. obs: 31546 / % possible obs: 87.86 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 1.77 % / R_merge(I) obs: 0.03

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.3-1.34	1.74	0.28	2.31	1	87.88
1.34-1.39	1.83	0.21	3.08	1	88.4
1.39-1.43	1.77	0.17	3.85	1	87.96
1.43-1.49	1.69	0.14	4.8	1	87.8
1.49-1.55	1.73	0.1	6.69	1	86.64
1.55-1.62	1.84	0.08	9.45	1	86.99
1.62-1.7	1.81	0.06	12.08	1	87.19
1.7-1.79	1.76	0.05	10.59	1	85.37
1.79-1.9	1.7	0.04	14.89	1	88.02
1.9-2.03	1.77	0.04	15.95	1	89.37
2.03-2.19	1.83	0.04	16.3	1	91.26
2.19-2.4	1.77	0.04	16.74	1	90.28
2.4-2.68	1.71	0.03	16.96	1	89.86
2.68-3.1	1.75	0.03	17.12	1	90
3.1-3.79	1.85	0.03	15.06	1	84.05
3.79-5.37	1.68	0.03	21.48	1	89.12
5.37-32.57	1.83	0.03	18.61	1	93.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→32.299 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	1570	4.98 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.1737	31546	88.13 %	-
all	-	31546	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1208	10	285	1503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	33.311	570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	60

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.342	0.2688	139	0.2159	2723	X-RAY DIFFRACTION	88
1.342-1.3899	0.2599	116	0.2076	2794	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3899-1.4456	0.2613	138	0.1977	2702	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4456-1.5114	0.2331	127	0.1959	2722	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5114-1.591	0.2139	141	0.1817	2679	X-RAY DIFFRACTION	87
1.591-1.6907	0.2045	148	0.1639	2685	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6907-1.8213	0.1917	158	0.1531	2655	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8213-2.0045	0.1854	138	0.1623	2727	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0045-2.2945	0.1944	171	0.1833	2782	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2945-2.8906	0.1951	141	0.1998	2817	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8906-32.3092	0.1546	153	0.1542	2690	X-RAY DIFFRACTION	88

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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