[日本語] English
万見
- PDB-4kvg: Crystal structure of RIAM RA-PH domains in complex with GTP bound Rap1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kvg
タイトルCrystal structure of RIAM RA-PH domains in complex with GTP bound Rap1
要素
  • Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
  • Ras-related protein Rap-1A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ras-related protein / ubiquitin fold / GTPase / actin polymerization / integrin activation / cell adhesion / RIAM / RAPL / Mst1 / PDK / Rap1 / Ena/VASP / Profilin / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / MAP2K and MAPK activation / regulation of cell junction assembly / nerve growth factor signaling pathway / positive regulation of vasculogenesis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis ...Rap protein signal transduction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / MAP2K and MAPK activation / regulation of cell junction assembly / nerve growth factor signaling pathway / positive regulation of vasculogenesis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor complex / ARMS-mediated activation / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / anchoring junction / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T cell receptor complex / Frs2-mediated activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / synaptic vesicle exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein kinase activity / specific granule membrane / cellular response to cAMP / sperm midpiece / Integrin signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of GTPase activity / G protein activity / protein localization to plasma membrane / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / positive regulation of neuron projection development / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / presynapse / lamellipodium / cell junction / nervous system development / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / cytoskeleton / endosome membrane / neuron projection / focal adhesion / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / Ras-related protein Rap1 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Small GTPase, Ras-type ...GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / Ras-related protein Rap1 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PH domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rap-1A / Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zhang, H. / Chang, Y.E. / Brennan, M.L. / Wu, J.
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2014
タイトル: The structure of Rap1 in complex with RIAM reveals specificity determinants and recruitment mechanism.
著者: Zhang, H. / Chang, Y.C. / Brennan, M.L. / Wu, J.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rap-1A
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
C: Ras-related protein Rap-1A
D: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,49810
ポリマ－100,2794
非ポリマー1,2196
水13,061725
1
A: Ras-related protein Rap-1A
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7495
ポリマ－50,1392
非ポリマー6103
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ras-related protein Rap-1A
D: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7495
ポリマ－50,1392
非ポリマー6103
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.467, 85.848, 160.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rap-1A / C21KG / G-22K / GTP-binding protein smg p21A / Ras-related protein Krev-1


分子量: 19236.854 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-167 / 変異: G12V, Q63E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KREV1, RAP1A / プラスミド: pET281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62834
#2: タンパク質 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein / APBB1-interacting protein 1 / Proline-rich EVH1 ligand 1 / PREL-1 / Proline-rich protein 48


分子量: 30902.496 Da / 分子数: 2 / 断片: RA-PH domains (UNP residues 179-437) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Apbb1ip, Prel1 / プラスミド: pET281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R5A3

-
非ポリマー , 4種, 731分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris, 15% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 137303 / Num. obs: 130322 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 137303 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→47.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.035 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 6891 5 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.19821 130322 99.3 %-
all-137303 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6704 0 74 725 7503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.027154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.9769705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2455885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17824.652359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.148151380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4951546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.648→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 441 -
Rwork0.275 8590 -
obs--92.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6106-0.26560.56141.05170.37394.4254-0.01160.13940.02980.0139-0.0275-0.03810.1856-0.03070.03910.0513-0.01380.00410.0764-0.02220.0632-33.027-26.558-2.561
21.10430.23470.21490.55850.07150.6454-0.0124-0.06930.0046-0.0144-0.0145-0.01110.0058-0.05090.02690.05090.02160.01030.0524-0.01190.093-21.489-14.00734.972
34.7048-2.0989-0.58945.5723-3.15527.18340.35580.56680.1716-1.1827-0.459-0.23650.63310.35140.10320.41430.19120.11280.20210.08140.0405-10.45629.64-1.195
41.3124-0.0452-0.22550.4940.03390.81880.0053-0.0001-0.0323-0.0123-0.04220.0517-0.0134-0.0350.03690.04450.0243-0.0040.0464-0.00070.0884-19.82620.91837.948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2B178 - 437
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4D178 - 437

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る