PDB-4kun: Crystal structure of Legionella pneumophila Lpp1115 / KaiB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kun

タイトル

Crystal structure of Legionella pneumophila Lpp1115 / KaiB

要素

Hypothetical protein Lpp1115

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology / Alpha and beta proteins (a/b) / thioredoxin fold

機能・相同性

Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Petit, P. / Stogios, P.J. / Stein, A. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Daniels, C. / Di Leo, R. / Buchrieser, C. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2014
タイトル: The Legionella pneumophila kai operon is implicated in stress response and confers fitness in competitive environments.
著者: Loza-Correa, M. / Sahr, T. / Rolando, M. / Daniels, C. / Petit, P. / Skarina, T. / Gomez Valero, L. / Dervins-Ravault, D. / Honore, N. / Savchenko, A. / Buchrieser, C.

履歴

登録	2013年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2014年10月8日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kun.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kun.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kun_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kun_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	4kun_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	4kun_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4kun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4kun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ado-1 4jqf-d 1d7h-3 1vh6-d 3qik-1 3ash-1 1eym-d 3hra-d 2q1e-2 1d7j-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC108253

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein Lpp1115

B: Hypothetical protein Lpp1115

20.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.830, 46.050, 45.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hypothetical protein Lpp1115 分子量: 10168.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 株: Paris / 遺伝子: lpp1115 / プラスミド: p15Tv-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5X655
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 6.5, 35% w/v PEG 8K, 1 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2828144 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2828144 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→29.91 Å / Num. obs: 11748 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1686 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→27.379 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2467	557	4.75 %	random
R_work	0.1906	-	-	-
obs	0.1935	11730	98.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1396	0	0	150	1546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.801	1883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.066	569
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-2.1462	0.2869	148	0.2298	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1462-2.4566	0.3053	135	0.2253	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4566-3.0944	0.2282	139	0.2176	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0944-27.3813	0.2291	135	0.1619	2867	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8314	1.4875	-1.7612	9.2313	-2.3566	5.223	0.1448	-0.0023	0.2851	-0.4235	-0.062	-0.3346	-0.1637	0.3789	-0.0453	0.1637	-0.0585	0.0385	0.2772	-0.0184	0.1217	14.0304	28.7188	-0.2893
2	3.8892	0.222	-0.3996	5.7915	0.2138	7.1519	0.4832	-0.2667	0.292	0.1448	-0.405	-0.1876	-0.5017	0.1475	-0.029	0.2142	-0.1256	0.0342	0.3105	-0.0567	0.1581	10.7351	31.7684	6.4853
3	3.816	-0.2235	-0.5504	3.335	0.3699	8.2483	-0.0278	-0.107	-0.2358	0.0682	-0.1073	-0.0796	0.5292	0.8618	0.1584	0.1734	0.042	-0.0335	0.2138	0.0262	0.1338	2.8571	15.0779	25.7747
4	1.8516	3.0264	3.1777	7.3396	5.4027	7.4378	-0.1921	-0.1471	0.0886	0.1511	0.0381	0.6315	0.0303	-0.1808	0.1586	0.1416	0.0496	-0.012	0.2162	0.0082	0.1571	-7.2142	15.8442	24.5394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 0:34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 35:90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resi 1:64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 65:90

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関連情報:EMDBヘッダ

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