+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kun | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Legionella pneumophila Lpp1115 / KaiB | ||||||
要素 | Hypothetical protein Lpp1115仮説 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology / Alpha and beta proteins (a/b) / thioredoxin fold | ||||||
機能・相同性 | Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Petit, P. / Stogios, P.J. / Stein, A. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Daniels, C. / Di Leo, R. / Buchrieser, C. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2014 タイトル: The Legionella pneumophila kai operon is implicated in stress response and confers fitness in competitive environments. 著者: Loza-Correa, M. / Sahr, T. / Rolando, M. / Daniels, C. / Petit, P. / Skarina, T. / Gomez Valero, L. / Dervins-Ravault, D. / Honore, N. / Savchenko, A. / Buchrieser, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kun.cif.gz | 82.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4kun.ent.gz | 67.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4kun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4kun | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10168.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Paris / 遺伝子: lpp1115 / プラスミド: p15Tv-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5X655 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 6.5, 35% w/v PEG 8K, 1 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2828144 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2828144 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→29.91 Å / Num. obs: 11748 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1686 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→27.379 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.379 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|