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- PDB-4ku0: Enterobacteria phage T4 gp5.4 PAAR repeat protein in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ku0
タイトルEnterobacteria phage T4 gp5.4 PAAR repeat protein in complex with T4 gp5 beta-helix fragment
要素
  • Tail-associated lysozyme
  • Uncharacterized 10.2 kDa protein in segC-Gp6 intergenic region
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / PAAR-repeat motif / membrane piercing / type VI secretion system / T6SS / cell puncturing device / beta-helix / gp5-gp27 protein complex / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / virus tail / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / virus tail / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #60 / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Gp5, C-terminal / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / PAAR motif / PAAR motif / Tumour Suppressor Smad4 / T4-type lysozyme ...Tumour Suppressor Smad4 - #60 / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Gp5, C-terminal / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / PAAR motif / PAAR motif / Tumour Suppressor Smad4 / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-OCTADECENOIC ACID / : / PALMITIC ACID / STEARIC ACID / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Baseplate puncturing device gp5.4
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Buth, S.A. / Leiman, P.G. / Shneider, M.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystall structute of the business end of the T4 cell-puncturing device
著者: Buth, S.A. / Leiman, P.G. / Shneider, M.M.
履歴
登録2013年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail-associated lysozyme
B: Tail-associated lysozyme
C: Tail-associated lysozyme
D: Uncharacterized 10.2 kDa protein in segC-Gp6 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,84714
ポリマ－39,6734
非ポリマー1,17510
水10,106561
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25770 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.302, 49.327, 84.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tail-associated lysozyme / Protein Gp5 / Gp5C


分子量: 9856.678 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 484-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 5 / プラスミド: pEEva2, a pET23a derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, lysozyme
#2: タンパク質 Uncharacterized 10.2 kDa protein in segC-Gp6 intergenic region / gp5.4


分子量: 10102.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 5.4, y08B / プラスミド: pEEva2, a pET23a derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P39234

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非ポリマー , 8種, 571分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ELA / 9-OCTADECENOIC ACID / エライジン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23-25% PEG 3350, 100mM Tris pH=8.5, 40-100mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月3日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→46 Å / Num. all: 129006 / Num. obs: 124490 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.13 % / Biso Wilson estimate: 18.103 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0532 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 4.12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique all: 21326 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JJ2

4jj2


解像度: 1.15→46 Å / Num. parameters: 31827 / Num. restraintsaints: 40407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 4516 3.63 %RANDOM
all0.1367 129006 --
obs0.1265 124490 96.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 23 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3356.94
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 77 561 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0134
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0296
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.0278
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0052
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0747
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.0946
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.0271
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0473
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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