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- PDB-4ktx: Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ktx
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S mutant with covalent inhibitor that modifies Cys-165 causing disorder in 167-174 stretch
要素
  • Botulinum neurotoxin A light chain
  • Peptide inhibitor MPT-DPP-ARG-G-LEU-NH2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Clostridial neurotoxin zinc protease / Peptidase_M27 / SNAP 25 / covalent inhibition / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 ...host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide inhibitor MPT-DPP-ARG-G-LEU-NH2 / S-1,2-PROPANEDIOL / Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum A (ボツリヌス菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Stura, E.A. / Vera, L. / Guitot, K. / Dive, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Covalent modification of the active site cysteine stresses Clostridium botulinum neurotoxin A
著者: Guitot, K. / Vera, L. / Le Roux, L. / Bregant, S. / Ptchelkine, D. / Beau, F. / Stura, E.A. / Dive, V.
履歴
登録2013年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_validate_polymer_linkage ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_validate_polymer_linkage / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin A light chain
B: Peptide inhibitor MPT-DPP-ARG-G-LEU-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9218
ポリマ－51,4072
非ポリマー5146
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.410, 65.410, 200.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin A light chain / Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX


分子量: 50889.316 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain residues 1-425 / 変異: C134S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum A (ボツリヌス菌)
株: strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A / 遺伝子: botA, CBO0806, CLC_0862 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta De3 / 参照: UniProt: A5HZZ9, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: タンパク質・ペプチド Peptide inhibitor MPT-DPP-ARG-G-LEU-NH2


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 517.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Peptide inhibitor MPT-DPP-ARG-G-LEU-NH2

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非ポリマー , 5種, 140分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: Protein - preformed complex LCA_C134S-KG13 at 10 mg/mL, Reservoir - 4% PEG 4000, 0.1 M imidazole malate, Cryoprotectant 40% CryoProtX CM3, 18% MPEG 2K, 0.1 M PCTP (Na propionate, Na ...詳細: Protein - preformed complex LCA_C134S-KG13 at 10 mg/mL, Reservoir - 4% PEG 4000, 0.1 M imidazole malate, Cryoprotectant 40% CryoProtX CM3, 18% MPEG 2K, 0.1 M PCTP (Na propionate, Na cacodylate, Bis-Tris-propane) (50% pH 4 / 50% pH 9.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING SI (111) MONOCHROMATOR AND PT COATED MIRRORS IN KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY FOR FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 14292 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.76 % / Biso Wilson estimate: 53.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.446 / Rsym value: 0.439 / Net I/σ(I): 9.03
反射 シェル解像度: 2.59→2.74 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 2.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Rsym value: 2.377 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
REFMAC精密化
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ELC

4elc


解像度: 2.59→46.8 Å / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 715 5 %
Rwork0.202 --
obs0.207 14291 99.3 %
all-14292 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3499 0 29 134 3662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4584900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1371336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008634
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.78840.37951350.25372566X-RAY DIFFRACTION96
2.7884-3.0690.34181410.26912672X-RAY DIFFRACTION100
3.069-3.51290.32471410.21712692X-RAY DIFFRACTION100
3.5129-4.42540.25091450.16822741X-RAY DIFFRACTION100
4.4254-46.80810.28691530.18532905X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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