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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ktk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CYP121 in complex with 4-(3-amino-4-(4-hydroxyphenyl)-1H-pyrazol-5-yl)benzene-1,3-diol | ||||||
要素 | Cytochrome P450 121 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 / cYY / C-C bond formation / Assumed cytosol | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KTK / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Hudson, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2013 タイトル: Overcoming the Limitations of Fragment Merging: Rescuing a Strained Merged Fragment Series Targeting Mycobacterium tuberculosis CYP121. 著者: Hudson, S.A. / Surade, S. / Coyne, A.G. / McLean, K.J. / Leys, D. / Munro, A.W. / Abell, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ktk.cif.gz | 106 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ktk.ent.gz | 78.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ktk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ktk_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ktk_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ktk_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ktk_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43174.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2276, RVBD_2276 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) 参照: UniProt: I6YD01, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate-HCl, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91731 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→38.88 Å / Num. all: 76131 / Num. obs: 76131 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9977 / % possible all: 75.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1N40 解像度: 1.4→38.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.854 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.951 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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