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- PDB-4kt1: Complex of R-spondin 1 with LGR4 extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kt1
タイトルComplex of R-spondin 1 with LGR4 extracellular domain
要素
  • Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
  • R-spondin-1
キーワードHORMONE RECEPTOR/CELL ADHESION / R-spondin / LGR receptor / complex structure / Wnt signaling / HORMONE RECEPTOR-CELL ADHESION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / intestinal stem cell homeostasis / regulation of receptor internalization / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / male genitalia development / bone remodeling ...metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / intestinal stem cell homeostasis / regulation of receptor internalization / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / male genitalia development / bone remodeling / digestive tract development / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of cytokine production / bone mineralization / positive regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Regulation of FZD by ubiquitination / circadian regulation of gene expression / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / spermatogenesis / signaling receptor binding / innate immune response / extracellular space / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Glycoprotein hormone receptor family / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily ...R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Glycoprotein hormone receptor family / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
R-spondin-1 / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Wang, X.Q. / Wang, D.L.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for R-spondin recognition by LGR4/5/6 receptors
著者: Wang, D.L. / Huang, B. / Zhang, S. / Yu, X. / Wu, W. / Wang, X.Q.
履歴
登録2013年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
E: R-spondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1654
ポリマ－65,5192
非ポリマー6462
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.376, 91.376, 87.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4 / G-protein coupled receptor 48


分子量: 55438.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGR4 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BXB1
#2: タンパク質 R-spondin-1 / Roof plate-specific spondin-1 / hRspo1


分子量: 10080.942 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 39-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RSPO1 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2MKA7
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→50 Å / Num. all: 28261 / Num. obs: 28261 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.96 / Observed criterion σ(I): 1.96 / Biso Wilson estimate: 35.06 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZYO

3zyo


解像度: 2.497→24.671 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8596 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 1428 5.05 %RANDOM
Rwork0.1601 ---
all0.1626 28261 --
obs0.1626 28261 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.64 Å2 / Biso mean: 41.7028 Å2 / Biso min: 17.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→24.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4265 0 42 217 4524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1595972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4951631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4969-2.58610.27821320.215126982830
2.5861-2.68950.26721550.203627022857
2.6895-2.81180.26811370.184226662803
2.8118-2.95980.25811210.190127012822
2.9598-3.14490.25911550.186526732828
3.1449-3.38710.21441410.178426972838
3.3871-3.72690.19651410.149126792820
3.7269-4.26380.18471480.132126542802
4.2638-5.36290.17391560.131226872843
5.3629-24.67190.17731420.15426762818
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6609-0.5917-0.03331.6182-0.14170.4837-0.0142-0.0001-0.0390.06420.0067-0.0442-0.0432-0.01340.2758-0.0191-0.00670.2637-0.01890.216350.538165.8299-0.1996
20.7882-0.56520.13011.24250.29941.1656-0.1612-0.0418-0.0570.1599-0.00640.1570.149-0.45810.4005-0.00960.01110.3609-0.00170.350847.030851.02539.0301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA26 - 529
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN EE39 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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