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- PDB-4ksi: Crystal Structure Analysis of the Acidic Leucine Aminopeptidase o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ksi
タイトルCrystal Structure Analysis of the Acidic Leucine Aminopeptidase of Tomato
要素Leucine aminopeptidase 1, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / Exoprotease / defense response / Peptide binding / Divalent metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / protein hexamerization / metalloaminopeptidase activity / chloroplast / peptidase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases ...Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Leucine aminopeptidase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者DuPrez, K.T. / Scranton, M. / Walling, L. / Fan, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of tomato wound-induced leucine aminopeptidase sheds light on substrate specificity.
著者: Duprez, K. / Scranton, M.A. / Walling, L.L. / Fan, L.
履歴
登録2013年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine aminopeptidase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,78815
ポリマ－55,7931
非ポリマー99514
水8,503472
1
A: Leucine aminopeptidase 1, chloroplastic
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,72690
ポリマ－334,7576
非ポリマー5,96984
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area40590 Å2
ΔGint-638 kcal/mol
Surface area105070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.597, 160.597, 104.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Leucine aminopeptidase 1, chloroplastic / DR57 / Leucyl aminopeptidase 1 / LAP 1 / Proline aminopeptidase 1 / Prolyl aminopeptidase 1


分子量: 55792.906 Da / 分子数: 1 / 断片: Mature LAP-A1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: LAP, LAP2, LAPA1 / プラスミド: pQE11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q10712, leucyl aminopeptidase, prolyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 7種, 486分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 0.1 M ammonium sulfate, 45% (v/v) MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月8日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 38529 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 23.618
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 5.256 / Num. unique all: 2551 / Rsym value: 0.628 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.747 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 5 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1735 2033 5 %RANDOM
Rwork0.13674 ---
obs0.13854 38529 99.9 %-
all-40562 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.377 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3782 0 58 472 4312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.9785728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0615602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29725.647170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30415724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6651521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213176
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 120 -
Rwork0.154 2551 -
obs-2551 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5532-0.6825-0.14090.5918-0.09930.4115-0.0375-0.0995-0.23750.07650.13660.162-0.0534-0.1071-0.09910.1043-0.0061-0.00360.11150.02370.111232.286-61.92322.187
20.70910.2669-0.32130.5883-0.26930.5005-0.0134-0.0319-0.0009-0.00310.02670.03210.03110.0135-0.01330.0544-0.0025-0.030.0349-0.0090.025839.238-52.62710.693
30.43720.1339-0.0050.27140.04060.2979-0.02150.02090.0438-0.026-0.0040.0352-0.0169-0.0070.02550.04430.0048-0.02220.0315-0.00080.015957.653-33.7416.845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A55 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2A146 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3A285 - 571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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