PDB-4kri: Haemonchus contortus Phospholethanolamine N-methyltransferase 2 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kri

タイトル

Haemonchus contortus Phospholethanolamine N-methyltransferase 2 in complex with phosphomonomethylethanolamine and S-adenosylhomocysteine

要素

Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoethanolamine N-methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Evolution of structure and mechanistic divergence in di-domain methyltransferases from nematode phosphocholine biosynthesis.
著者: Lee, S.G. / Jez, J.M.

履歴

登録	2013年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kri.cif.gz	546.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kri.ent.gz	451.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kri_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kri_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4kri_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	4kri_validation.cif.gz	81.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4krgC 4krhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4krh-2 3tqf-d 6dej-2 1gvh-d 1sqg-d 6b5c-d 3svs-10 4m7p-d 4nws-d 3nt3-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

B: Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

C: Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

150 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phospholethanolamine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.987, 136.838, 90.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-918- HOH
2	1	C-832- HOH
3	1	C-858- HOH

#1: タンパク質	Phospholethanolamine N-methyltransferase 2 分子量: 49577.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう) プラスミド: pET-28a-HcPMT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II (DE3) / 参照: UniProt: U5HK48*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-1SH / 2-(methylamino)ethyl dihydrogen phosphate / りん酸2-(メチルアミノ)エチル分子量: 155.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₁₀NO₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 20% PEG-3,000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→34.2 Å / Num. all: 150732 / Num. obs: 150007 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→34.2 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2101	7528	5.02 %	random
R_work	0.1745	-	-	-
obs	0.1762	150007	97.45 %	-
all	-	150732	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.517 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.8558 Å²	0 Å²	-0.5396 Å²
2-	-	7.7785 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→34.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10342	0	105	1005	11452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	14441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.353	4067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.7417	0.279	236	0.2549	4146	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7417-1.7621	0.2933	233	0.2539	4720	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7621-1.7836	0.2859	253	0.2378	4702	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7836-1.8062	0.2673	222	0.2211	4728	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8062-1.83	0.2404	232	0.2082	4684	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-1.855	0.2567	261	0.2093	4747	X-RAY DIFFRACTION	97
1.855-1.8815	0.2783	240	0.2086	4669	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8815-1.9096	0.2479	245	0.1971	4719	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9096-1.9395	0.2346	260	0.1873	4727	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9395-1.9713	0.2341	275	0.1888	4761	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9713-2.0052	0.2275	245	0.186	4772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0052-2.0417	0.2386	252	0.1849	4766	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0417-2.081	0.2254	272	0.186	4749	X-RAY DIFFRACTION	98
2.081-2.1234	0.2278	240	0.1838	4767	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1234-2.1696	0.2092	252	0.1828	4795	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1696-2.2201	0.2244	255	0.1786	4815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2201-2.2756	0.2031	241	0.1685	4797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2756-2.3371	0.1973	240	0.1682	4833	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3371-2.4058	0.2367	265	0.1724	4818	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4058-2.4835	0.2314	297	0.1773	4763	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4835-2.5722	0.2163	253	0.1749	4839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5722-2.6752	0.2261	246	0.1751	4817	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6752-2.7969	0.2195	281	0.1815	4780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7969-2.9442	0.2253	262	0.1864	4825	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9442-3.1286	0.2104	252	0.1814	4845	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1286-3.3699	0.2194	243	0.1818	4861	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3699-3.7087	0.1865	235	0.1642	4873	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7087-4.2445	0.1847	264	0.146	4846	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2445-5.3444	0.1699	251	0.1466	4844	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3444-34.2162	0.1955	225	0.1812	4471	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.789	0.0369	-0.445	0.6313	-0.0439	1.3055	-0.0191	-0.0432	0.1266	-0.0087	0.0653	-0.1408	-0.1097	0.164	0	0.1658	-0.0076	-0.019	0.1442	-0.0202	0.2152	21.7787	-34.0149	11.2147
2	1.7302	-0.2202	0.4499	1.3636	0.3016	0.8801	-0.0235	-0.2118	0.144	-0.0076	-0.0761	0.2519	-0.0676	-0.0635	-0.1489	0.1672	0.0541	-0.0228	0.1485	-0.0705	0.2568	-6.2108	-41.0752	23.2973
3	0.9596	0.0292	-0.3934	1.1219	-0.099	1.0054	-0.1058	-0.266	-0.1661	0.3608	-0.0528	0.2759	0.2995	-0.1078	-0.0032	0.4773	0.0455	0.076	0.2995	0.016	0.2725	9.5271	-72.7465	41.7817
4	0.8566	-0.7039	-0.0058	1.7326	0.6003	0.6571	0.0207	-0.0162	-0.0705	0.0517	-0.0088	-0.0846	0.0791	0.1041	-0.0011	0.2249	0.0713	-0.0132	0.1937	0.0068	0.2036	27.9429	-73.2184	16.5065
5	1.6824	-0.4389	-0.4951	0.8423	0.0903	0.4773	-0.0403	0.541	-0.3392	-0.0282	-0.0707	0.2003	0.0508	-0.091	-0.0042	0.1728	-0.0476	0.0243	0.3493	-0.0807	0.2419	2.6148	-45.1275	67.8873
6	1.5148	0.208	-1.2006	1.1086	-0.284	1.8605	-0.0196	0.4485	-0.051	-0.1736	0.0655	0.0318	-0.0146	-0.2724	0.023	0.195	-0.0176	0.0199	0.3605	-0.0164	0.1217	30.5308	-35.9092	56.9712
7	4.752	0.6727	-3.6378	1.1167	0.3537	3.5234	-0.0163	-0.1259	0.289	0.0409	0.0707	-0.261	0.0401	0.075	-0.0337	-0.1669	0.4592	0.0145	0.0376	-0.2682	0.3199	-10.0689	-33.3453	25.6712
8	1.8087	1.7986	-0.3461	2.3152	0.4976	1.4127	-0.1646	-0.0327	0.0587	0.0058	-0.0001	-0.0519	0.0421	-0.0077	0.0009	0.188	0.2063	-0.0754	0.1318	-0.107	0.3447	34.8721	-78.6166	18.3314
9	2.5762	-0.3082	-3.2102	0.1015	0.6075	4.769	-0.0077	0.0108	0.0132	0.0145	0.0034	0.0181	0.012	-0.1327	0.0105	0.2352	-0.019	0.0623	0.5033	-0.0541	0.1254	31.0315	-38.7372	48.4127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:166)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 171:431)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 2:165)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 171:431)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESSEQ 1:165)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND (RESSEQ 172:431)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 702:702)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 702:702)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 702:702)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)