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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4krd | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pho85-Pcl10 Complex | ||||||
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![]() | Transferase/Signaling Protein / Glycogen Synthesis / CDK / cyclin / Glycogen Synthesis Regulation / Transferase-Signaling Protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() establishment or maintenance of cytoskeleton polarity / Pho85-Pho80 CDK-cyclin complex / negative regulation of phosphate metabolic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / negative regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cell cycle phase transition / long-chain fatty acid metabolic process / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / regulation of glycogen biosynthetic process ...establishment or maintenance of cytoskeleton polarity / Pho85-Pho80 CDK-cyclin complex / negative regulation of phosphate metabolic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / negative regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cell cycle phase transition / long-chain fatty acid metabolic process / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of glycogen biosynthetic process / cell cycle G1/S phase transition / cellular bud neck / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / negative regulation of macroautophagy / glycogen metabolic process / regulation of cell division / lipid homeostasis / positive regulation of macroautophagy / regulation of lipid metabolic process / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of protein stability / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of protein localization / regulation of cell cycle / protein kinase activity / protein serine kinase activity / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Quiocho, F.A. / Zheng, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Structural Insights into Phosphorylation-free Mechanism for Full Cyclin-dependent Kinase (CDK)-Cyclin Activity and Substrate Recognition. 著者: Zheng, F. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Heterodimer is composed of one molecular Pho85 and one molecular Pcl10 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36356.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: P7102.18A, PHO85, SSG3, YPL031C / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23752.602 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 227-433 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: G2838, PCL10, YGL134W / プラスミド: pSBET / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 22-25% Polyethylene glycol 5000 monomethyl ether (PEG 5K MME), 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic acid (MES), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月6日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.952→49.925 Å / Num. all: 37631 / Num. obs: 35878 / % possible obs: 95.34 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PK9 解像度: 1.952→49.925 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.264 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.952→49.925 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.6862 Å / Origin y: -13.3166 Å / Origin z: 22.4181 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |