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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmc
タイトルStructure analysis of M. Tuberculosis rRNA transcriptional regulator CarD and its interaction with T. Aquaticus RNA polymerase-BETA1 domain
要素RNA polymerase-binding transcription factor CarD
キーワードTRANSCRIPTION / UNKNOWN FOLD / rRNA TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / RNA POLYMERASE BETA1 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth rate / stringent response / rRNA transcription
類似検索 - 分子機能
CarD-like, C-terminal domain / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase-binding transcription factor CarD / RNA polymerase-binding transcription factor CarD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gangwar, S.P. / Meena, S.R. / Saxena, A.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of the carboxy-terminal domain of Mycobacterium tuberculosis CarD protein: an essential rRNA transcriptional regulator.
著者: Gangwar, S.P. / Meena, S.R. / Saxena, A.K.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8831
ポリマ－8,8831
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD

A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7662
ポリマ－17,7662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area1900 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.957, 60.957, 59.478
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量: 8883.027 Da / 分子数: 1 / 断片: C terminal domain, UNP residues 83-162 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: carD, MT3689, Rv3583c / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53568, UniProt: P9WJG3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 4000, 0.2M Magnisium sulphate, 30% Ethylene Glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50.3 Å / Num. obs: 6559 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 27.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 28.6 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 334 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→30.479 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7555 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 304 4.66 %RANDOM
Rwork0.2185 ---
all0.22 6559 --
obs0.22 6522 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.11 Å2 / Biso mean: 49.7209 Å2 / Biso min: 29.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数616 0 0 15 631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.866833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.509237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.146-2.70350.27311580.212130283186
2.7035-30.48160.24761460.2231903336
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.4746 Å / Origin y: -3.078 Å / Origin z: 7.8578 Å
111213212223313233
T0.3682 Å20.0271 Å2-0.0276 Å2-0.3574 Å2-0.0083 Å2--0.2735 Å2
L2.0372 °20.5259 °20.045 °2-1.5962 °20.5531 °2--1.1779 °2
S-0.2638 Å °0.2749 Å °-0.0264 Å °-0.3059 Å °0.3113 Å °-0.1524 Å °-0.1206 Å °0.0442 Å °-0.0638 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA83 - 161
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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