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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kly
タイトルCrystal structure of a blue-light absorbing proteorhodopsin mutant D97N from HOT75
要素Blue-light absorbing proteorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / Ion transport / proton pump / Retinylidene Schiff base / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proteorhodopsin / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Blue-light absorbing proteorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種gamma proteobacterium 'Hot 75m4' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ran, T. / Ozorowski, G. / Gao, Y. / Wang, W. / Luecke, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Cross-protomer interaction with the photoactive site in oligomeric proteorhodopsin complexes.
著者: Ran, T. / Ozorowski, G. / Gao, Y. / Sineshchekov, O.A. / Wang, W. / Spudich, J.L. / Luecke, H.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Other
改定 1.22013年10月23日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-light absorbing proteorhodopsin
B: Blue-light absorbing proteorhodopsin
C: Blue-light absorbing proteorhodopsin
D: Blue-light absorbing proteorhodopsin
E: Blue-light absorbing proteorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,38910
ポリマ－141,9675
非ポリマー1,4225
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area45080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.100, 168.800, 65.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Blue-light absorbing proteorhodopsin / BPR


分子量: 28393.406 Da / 分子数: 5 / 変異: D97N / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) gamma proteobacterium 'Hot 75m4' (バクテリア)
参照: UniProt: Q9AFF7
#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mg/mL protein plus 1-2% Tween 80 in a 1:1 ratio with reservoir solution (0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 44-49% [w/v] MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器日付: 2011年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→20 Å / Num. obs: 48838 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Net I/σ(I): 8.07
反射 シェル解像度: 2.72→2.97 Å / 冗長度: 11.18 % / Rmerge(I) obs: 3.116 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique all: 11202 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.636 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26081 2547 5.1 %RANDOM
Rwork0.20922 ---
obs0.21181 47520 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.655 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8724 0 100 13 8837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.029062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.97312364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.848319906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76251123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2723.47317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.396151199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.931515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1940.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 209 -
Rwork0.333 3359 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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