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- PDB-4kl5: Crystal structure of NpuDnaE intein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kl5
タイトルCrystal structure of NpuDnaE intein
要素DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HINT / intein / NpuDnaE inten
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity / helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA polymerase III, alpha subunit / Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Aranko, A.S. / Oeemig, J.S. / Kajander, T. / Iwai, H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Intermolecular domain swapping induces intein-mediated protein alternative splicing.
著者: Aranko, A.S. / Oeemig, J.S. / Kajander, T. / Iwai, H.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年6月11日Group: Derived calculations
改定 1.32017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
B: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2315
ポリマ－32,7552
非ポリマー4763
水3,981221
1
A: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7623
ポリマ－16,3771
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4692
ポリマ－16,3771
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
ヘテロ分子

B: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2315
ポリマ－32,7552
非ポリマー4763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area2090 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.555, 66.700, 67.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type chimeric construct


分子量: 16377.375 Da / 分子数: 2
断片: NpuDnaE Intein (unp residues 775-876, unp residues 2-40)
変異: C1A, D142N, D143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: DnaE N- and C-intein part, Npun_F4872 / プラスミド: pALBRSF12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: B2J066, UniProt: B2J821, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4 M tri-ammonium citrate/citric acid , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 28489 / Num. obs: 28252 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.04 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.72-1.827.10.5483.674373196.3
1.82-1.947.30.3026.724244199.9
1.94-2.17.30.16911.6939981100
2.1-2.37.20.11217.5536721100
2.3-2.577.20.08122.633461100
2.57-2.9770.05531.6429631100
2.97-3.636.60.03843.925321100
3.63-5.126.70.02753.251997199.7
5.12-506.20.02750.681127195.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2KEQ

2keq


解像度: 1.72→47.439 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 3.67 / σ(I): 3.67 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 1413 5 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.1712 28251 99.16 %-
all-28489 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→47.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 32 221 2499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2513248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.748914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7153-1.77660.27631320.22312499X-RAY DIFFRACTION94
1.7766-1.84770.261400.20042671X-RAY DIFFRACTION100
1.8477-1.93180.25531400.19082665X-RAY DIFFRACTION100
1.9318-2.03370.21711400.18352659X-RAY DIFFRACTION100
2.0337-2.16110.24721420.16372692X-RAY DIFFRACTION100
2.1611-2.32790.19221410.17052686X-RAY DIFFRACTION100
2.3279-2.56220.23071420.17722685X-RAY DIFFRACTION100
2.5622-2.93290.23991430.18362725X-RAY DIFFRACTION100
2.9329-3.69490.2011450.15882743X-RAY DIFFRACTION100
3.6949-47.45760.16081480.15042813X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4747 Å / Origin y: 1.2687 Å / Origin z: 8.8625 Å
111213212223313233
T0.1179 Å20.0238 Å20.0324 Å2-0.0964 Å2-0.0029 Å2--0.0746 Å2
L1.3636 °20.7096 °20.1672 °2-1.4087 °2-0.0237 °2--0.7683 °2
S-0.066 Å °0.0409 Å °0.0427 Å °-0.0236 Å °0.0919 Å °0.0717 Å °-0.0103 Å °-0.0164 Å °-0.027 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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