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- PDB-4kl1: HCN4 CNBD in complex with cGMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kl1
タイトルHCN4 CNBD in complex with cGMP
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CNBD / cAMP / cGMP / c-di-GMP / c-di-AMP / ion channel / HCN / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel / cAMP binding / cGMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization ...voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / sodium ion import across plasma membrane / blood circulation / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / monoatomic cation transport / voltage-gated potassium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / cAMP binding / cellular response to cAMP / muscle contraction / potassium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / regulation of membrane potential / axon / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lolicato, M. / Arrigoni, C. / Zucca, S. / Nardini, M. / Bucchi, A. / Schroeder, I. / Simmons, K. / Bolognesi, M. / DiFrancesco, D. / Schwede, F. ...Lolicato, M. / Arrigoni, C. / Zucca, S. / Nardini, M. / Bucchi, A. / Schroeder, I. / Simmons, K. / Bolognesi, M. / DiFrancesco, D. / Schwede, F. / Fishwick, C.W.G. / Johnson, A.P.K. / Thiel, G. / Moroni, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Cyclic dinucleotides bind the C-linker of HCN4 to control channel cAMP responsiveness.
著者: Lolicato, M. / Bucchi, A. / Arrigoni, C. / Zucca, S. / Nardini, M. / Schroeder, I. / Simmons, K. / Aquila, M. / DiFrancesco, D. / Bolognesi, M. / Schwede, F. / Kashin, D. / Fishwick, C.W. / ...著者: Lolicato, M. / Bucchi, A. / Arrigoni, C. / Zucca, S. / Nardini, M. / Schroeder, I. / Simmons, K. / Aquila, M. / DiFrancesco, D. / Bolognesi, M. / Schwede, F. / Kashin, D. / Fishwick, C.W. / Johnson, A.P. / Thiel, G. / Moroni, A.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
C: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
D: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,74518
ポリマ－93,5634
非ポリマー3,18214
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15380 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area37460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.100, 99.030, 109.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4


分子量: 23390.631 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 521-723) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCN4 / プラスミド: pET-24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q9Y3Q4
#2: 化合物
ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10-15% PEG3350, 200 mM sodium acetate buffer, 200 mM ammonium phosphate, 5-50mM cGMP, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月29日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→58.62 Å / Num. all: 29735 / Num. obs: 29735 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U11

3u11


解像度: 2.7→58.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 12.996 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 1.596 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27226 1505 5.1 %RANDOM
Rwork0.21002 ---
obs0.21403 28176 99.99 %-
all-29735 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→58.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 212 118 6738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8622.0039272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.9215.1799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.53822.762362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.063151231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4631577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9571.53892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83326300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48532966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.124.52960
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 102 -
Rwork0.27 2071 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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