PDB-4kkp: Crystal structure of Vibrio cholerae RbmA (crystal form 2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kkp

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae RbmA (crystal form 2)

要素

RbmA protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Fn-III / matrix protein / secreted

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3880 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sondermann, H. / Giglio, K.M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Biofilm Formation via the Vibrio cholerae Matrix Protein RbmA.
著者: Giglio, K.M. / Fong, J.C. / Yildiz, F.H. / Sondermann, H.

履歴

登録	2013年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kkp.cif.gz	191.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kkp.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kkp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kkp_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kkp_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	4kkp_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	4kkp_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kkp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kkqC 4kkrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kkr-d 4bei-2 4be6-d 3jpo-d 4be5-d 5j2h-d 5vs3-d 4bei-4 4bei-1 4dob-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RbmA protein

B: RbmA protein

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.375, 119.375, 105.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-364- HOH

#1: タンパク質	RbmA protein 分子量: 26581.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: MJ-1236 / 遺伝子: VCD_003406 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3NSJ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.07 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 3.0 M NaCl, 25% Xylitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9771 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 26922 / Num. obs: 26787 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→39.44 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2135	1982	7.47 %	random
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1726	26535	98.61 %	-
all	-	26922	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3597	0	0	261	3858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	4981
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.055	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5606	0.2547	132	0.1902	1637	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5606-2.6298	0.2575	135	0.1911	1688	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6298-2.7072	0.284	135	0.1887	1707	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7072-2.7945	0.2231	138	0.1911	1706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7945-2.8944	0.2395	141	0.1912	1722	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8944-3.0102	0.2447	140	0.1996	1736	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0102-3.1472	0.2394	142	0.1851	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1472-3.313	0.2489	143	0.1856	1759	X-RAY DIFFRACTION	99
3.313-3.5205	0.1945	141	0.1547	1761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5205-3.7921	0.2231	142	0.1587	1762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7921-4.1733	0.1632	145	0.1477	1782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1733-4.7763	0.1743	146	0.1243	1800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7763-6.0143	0.177	147	0.1497	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0143-39.4446	0.2411	155	0.2127	1922	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.622	-1.2731	0.9792	2.7639	0.216	3.0414	0.1368	0.4531	-0.4268	-0.1337	-0.0227	-0.1012	0.5428	0.2248	-0.0894	0.3542	-0.0233	-0.0211	0.1938	-0.0316	0.2003	96.5288	41.1114	34.1999
2	8.5334	0.6276	1.3016	2.4255	-0.0099	2.448	0.0376	0.3695	-0.633	-0.3187	-0.0345	-0.0634	0.4262	0.0783	0.0206	0.3458	-0.0139	-0.0019	0.2142	-0.0326	0.2102	96.2014	42.9157	33.8584
3	1.9367	0.007	-0.6311	0.5762	0.1536	0.6385	-0.0143	0.1378	-0.1412	-0.1052	-0.0422	0.0331	-0.0204	-0.1105	0.065	0.2059	0.016	-0.0369	0.2003	0.0093	0.1617	86.1028	66.7276	36.6127
4	9.1357	2.6376	0.4651	2.5029	0.177	1.9157	0.207	-0.6411	0.1503	0.3443	-0.1501	-0.2449	0.0778	0.3668	-0.0779	0.2594	0.0606	-0.0483	0.3463	-0.0036	0.1687	89.798	69.1713	62.5159
5	3.7295	0.3363	-0.1651	1.4584	0.1089	2.2079	-0.0604	-0.2528	0.0811	0.0396	0.0626	-0.0431	-0.1379	0.0881	-0.0026	0.1804	0.0291	-0.023	0.1479	-0.0047	0.1413	89.4464	68.6717	54.1784
6	2.2545	-0.2966	0.5666	0.6081	-0.0814	1.4601	-0.0434	-0.1816	-0.1351	-0.0264	0.0262	0.1837	0.1736	-0.2063	0.0226	0.2176	-0.0165	-0.016	0.1691	0.0361	0.2427	90.4247	41.8907	53.3931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 39:99)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 100:155)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 156:271)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 38:70)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 71:155)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 156:271)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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