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- PDB-4kk2: Crystal structure of a chimeric FPP/GFPP synthase (TARGET EFI-502... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kk2
タイトルCrystal structure of a chimeric FPP/GFPP synthase (TARGET EFI-502313c) from Artemisia spiciformiS (1-72:GI751454468,73-346:GI75233326), apo structure
要素Monoterpene synthase FDS-5, chloroplastic - Farnesyl diphosphate synthase 1 chimera
キーワードTRANSFERASE / ISOPRENOID SYNTHASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


chrysanthemyl diphosphate synthase / lavandulyl diphosphate synthase / chrysanthemyl diphosphate synthase activity / lavandulyl diphosphate synthase activity / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity ...chrysanthemyl diphosphate synthase / lavandulyl diphosphate synthase / chrysanthemyl diphosphate synthase activity / lavandulyl diphosphate synthase activity / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Monoterpene synthase FDS-5, chloroplastic / Farnesyl diphosphate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Artemisia spiciformis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a chimeric FPP/GFPP synthase (TARGET EFI-502313c) from Artemisia spiciformis (1-72:GI751454468,73-346:GI75233326), apo structure
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoterpene synthase FDS-5, chloroplastic - Farnesyl diphosphate synthase 1 chimera
B: Monoterpene synthase FDS-5, chloroplastic - Farnesyl diphosphate synthase 1 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3042
ポリマ－84,3042
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.145, 122.145, 114.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Monoterpene synthase FDS-5, chloroplastic - Farnesyl diphosphate synthase 1 chimera / Chrysanthemyl diphosphate synthase / CPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / Lavandulyl ...Chrysanthemyl diphosphate synthase / CPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / Lavandulyl diphosphate synthase / LPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase


分子量: 42152.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artemisia spiciformis (植物) / 遺伝子: FDS-5, FDS-1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7XYS8, UniProt: Q7XYS9, chrysanthemyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase, lavandulyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl), Reservoir (0.09 M HEPES pH 7.5, 1.26 M Sodium Citrate, 10% glycerol), Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl), Reservoir (0.09 M HEPES pH 7.5, 1.26 M Sodium Citrate, 10% glycerol), Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→105.781 Å / Num. all: 49118 / Num. obs: 49118 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 36.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.3211.30.8550.98064271490.855100
2.32-2.4611.30.5651.47697067950.565100
2.46-2.6311.40.3672.17210363250.367100
2.63-2.8411.50.2353.36849759630.235100
2.84-3.1111.50.1425.36268854390.142100
3.11-3.4811.50.0996.75713349490.099100
3.48-4.0211.60.1045.85013943400.104100
4.02-4.9211.50.0916.64299337260.091100
4.92-6.9611.50.05110.93292128630.051100
6.96-37.73910.70.02821.91686015690.02897.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FPS

1fps


解像度: 2.2→37.739 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8916 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 2482 5.06 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
all0.1588 49073 --
obs0.1588 49073 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.44 Å2 / Biso mean: 42.9078 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5497 0 0 219 5716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9917619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5732089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.24230.26271530.211125732726100
2.2423-2.28810.26431570.192525952752100
2.2881-2.33780.24021470.182425332680100
2.3378-2.39220.23731700.183425562726100
2.3922-2.4520.22521330.172625872720100
2.452-2.51830.20781490.169925602709100
2.5183-2.59240.19731340.158925772711100
2.5924-2.6760.2071250.153325932718100
2.676-2.77170.17651230.154626002723100
2.7717-2.88260.20951460.152225912737100
2.8826-3.01370.21821230.162225742697100
3.0137-3.17260.22321250.153626262751100
3.1726-3.37120.1891320.156226012733100
3.3712-3.63130.20531480.14925712719100
3.6313-3.99640.15311330.138925972730100
3.9964-4.57380.1631120.13326312743100
4.5738-5.75920.20251290.154626272756100
5.7592-37.7440.19331430.17232599274299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62760.5485-0.17721.29240.00272.08190.0432-0.12170.41960.0545-0.03370.3162-0.5451-0.1610.02780.2930.08990.03140.1749-0.02950.346334.598440.712240.7436
22.5834-0.4633-1.23811.6908-0.04642.262-0.2998-0.6138-0.4392-0.01960.2013-0.08770.29140.31550.03630.27160.1081-0.02120.3121-0.00280.239134.24130.389162.2098
32.19510.1205-1.34753.9806-0.3951.9770.2313-1.11940.44820.6858-0.04620.4364-0.35180.4303-0.11880.42810.0741-0.02760.6819-0.10810.330734.297539.228869.8993
42.02810.5352-0.59962.0524-0.49222.1318-0.0716-0.2435-0.30110.0931-0.0668-0.13970.5420.45250.09620.26830.0838-0.02450.24780.03730.241451.352417.228444.1945
51.35290.6356-0.30621.1181-0.18911.8633-0.0587-0.0231-0.2439-0.1365-0.0612-0.13250.13050.39550.08360.27720.0763-0.01940.24510.02990.212555.095322.528629.8498
61.97120.872-0.50812.143-0.5172.21960.0091-0.06710.0516-0.0578-0.08620.26190.16080.10320.08380.2070.0596-0.0010.14710.01390.15543.639821.339939.2129
71.4904-0.16450.44451.41240.1591.9995-0.01910.1330.1156-0.2467-0.06080.4115-0.101-0.19490.05660.21950.0507-0.05510.14670.00860.207137.299430.613923.4251
82.2270.4775-0.26312.1936-0.73011.58560.09180.00710.1579-0.0332-0.0726-0.0352-0.21080.36090.08820.2280.01050.00310.23920.05080.147757.414733.905323.6362
93.32373.18350.94055.44981.57921.055-0.20780.1867-0.0775-0.12590.2490.35350.22620.10260.00430.37110.0388-0.01970.24810.05830.264443.734923.697113.5239
101.6597-0.99920.88493.6458-1.08811.5463-0.1745-0.6136-0.4532-0.46510.35260.46580.3157-0.3838-0.1060.44870.02150.00420.34290.08860.498832.697311.899617.0814
113.1372-1.25270.81150.9710.68772.3996-0.30060.46680.1446-0.612-0.06841.37850.0567-0.89390.31240.46090.0188-0.27060.5775-0.02020.72122.704619.4717.967
126.71451.60810.52032.21190.74051.0848-0.6091.3621-0.4925-0.90060.43850.39890.2158-0.06540.18560.5738-0.1003-0.09530.3673-0.03650.405837.704818.72414.868
132.94830.9571-0.23954.2998-0.90413.0023-0.34050.1773-0.8769-0.5710.0703-0.14560.86890.2230.15150.47280.03360.09750.28960.01480.316255.627923.132112.3143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 9:173)A9 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 174:287)A174 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 288:343)A288 - 343
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 10:53)B10 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 54:100)B54 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 101:146)B101 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 147:199)B147 - 199
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 200:218)B200 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 219:242)B219 - 242
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 243:261)B243 - 261
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 262:287)B262 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 288:323)B288 - 323
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 324:346)B324 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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