[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4kk2: Crystal structure of a chimeric FPP/GFPP synthase (TARGET EFI-502... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kk2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a chimeric FPP/GFPP synthase (TARGET EFI-502313c) from Artemisia spiciformiS (1-72:GI751454468,73-346:GI75233326), apo structure | ||||||
Components | Monoterpene synthase FDS-5, chloroplastic - Farnesyl diphosphate synthase 1 chimera | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ISOPRENOID SYNTHASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information chrysanthemyl diphosphate synthase / lavandulyl diphosphate synthase / chrysanthemyl diphosphate synthase activity / lavandulyl diphosphate synthase activity / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity ...chrysanthemyl diphosphate synthase / lavandulyl diphosphate synthase / chrysanthemyl diphosphate synthase activity / lavandulyl diphosphate synthase activity / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / chloroplast / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Artemisia spiciformis (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a chimeric FPP/GFPP synthase (TARGET EFI-502313c) from Artemisia spiciformis (1-72:GI751454468,73-346:GI75233326), apo structure Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. ...Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kk2.cif.gz | 287.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4kk2.ent.gz | 235.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kk2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kk2_validation.pdf.gz | 439 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4kk2_full_validation.pdf.gz | 444.5 KB | Display | |
Data in XML | 4kk2_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4kk2_validation.cif.gz | 37.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1fpsS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is a dimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 42152.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Artemisia spiciformis (plant) / Gene: FDS-5, FDS-1 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q7XYS8, UniProt: Q7XYS9, chrysanthemyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase, lavandulyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.86 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl), Reservoir (0.09 M HEPES pH 7.5, 1.26 M Sodium Citrate, 10% glycerol), Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol) ...Details: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl), Reservoir (0.09 M HEPES pH 7.5, 1.26 M Sodium Citrate, 10% glycerol), Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Mar 15, 2012 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→105.781 Å / Num. all: 49118 / Num. obs: 49118 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 36.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 14.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FPS Resolution: 2.2→37.739 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8916 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 18.33 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.44 Å2 / Biso mean: 42.9078 Å2 / Biso min: 12.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→37.739 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|