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- PDB-4kk1: Crystal Structure of TSC1 core domain from S. pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kk1
タイトルCrystal Structure of TSC1 core domain from S. pombe
要素Tuberous sclerosis 1 protein homolog
キーワードIMMUNE SYSTEM / HEAT repeat / Tumor suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of L-methionine import across plasma membrane / Inhibition of TSC complex formation by PKB / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / TSC1-TSC2 complex / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of L-methionine import across plasma membrane / Inhibition of TSC complex formation by PKB / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / TSC1-TSC2 complex / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / GTPase activator activity / regulation of cell cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hamartin / Hamartin protein / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tuberous sclerosis 1 protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sun, W. / Zhu, Y. / Wang, Z.Z. / Zhong, Q. / Gao, F. / Lou, J.Z. / Gong, W.M. / Xu, W.Q.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the yeast TSC1 core domain and implications for tuberous sclerosis pathological mutations.
著者: Sun, W. / Zhu, Y.J. / Wang, Z. / Zhong, Q. / Gao, F. / Lou, J. / Gong, W. / Xu, W.
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
B: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
C: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
D: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
E: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
F: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
G: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
H: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
I: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
J: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
K: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
L: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
M: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
N: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
O: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
P: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
Q: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
R: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
S: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
T: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,012,80820
ポリマ－1,012,80820
非ポリマー00
水00
1
A: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
B: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area38190 Å2
手法PISA
2
C: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
D: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area37600 Å2
手法PISA
3
E: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
F: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
4
G: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
H: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area37670 Å2
手法PISA
5
I: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
J: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area37730 Å2
手法PISA
6
K: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
L: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
7
M: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
N: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area37570 Å2
手法PISA
8
O: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
P: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
9
Q: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
R: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area37700 Å2
手法PISA
10
S: Tuberous sclerosis 1 protein homolog
T: Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2812
ポリマ－101,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area37770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.321, 254.829, 228.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tuberous sclerosis 1 protein homolog


分子量: 50640.406 Da / 分子数: 20 / 断片: yeast TSC1 core domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tsc1, SPAC22F3.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09778
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 60mM imidazole, 40mM CHES, 120mM NH4 Citrate, 400mM 3Na Citrate, 12% PEG MME 2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 174204 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→39.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 26.013 / SU ML: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.545 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26769 9239 5 %RANDOM
Rwork0.18639 ---
obs0.19042 174204 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 93.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.15 Å20 Å21.83 Å2
2--2.29 Å20 Å2
3----4.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→39.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数63794 0 0 0 63794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01965414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0262598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.96388934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8773143506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98857764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14623.3113050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.0331510712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.12815440
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.210106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02172680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0215816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 667 -
Rwork0.278 12869 -
obs--99.51 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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