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- PDB-4ki1: Primitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ki1
タイトルPrimitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23
要素
  • IG EPSILON CHAIN C REGION
  • LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / LECTIN / ANTIBODY RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity IgE receptor activity / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / eosinophil degranulation ...low-affinity IgE receptor activity / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / IgE binding / positive regulation of killing of cells of another organism / type 2 immune response / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / Interleukin-10 signaling / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / integrin binding / antibacterial humoral response / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protease binding / adaptive immune response / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dhaliwal, B. / Pang, M.O.Y. / Sutton, B.J. / Beavil, A.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: A range of C3-C4 interdomain angles in IgE Fc accommodate binding to its receptor CD23.
著者: Dhaliwal, B. / Pang, M.O. / Yuan, D. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG EPSILON CHAIN C REGION
B: IG EPSILON CHAIN C REGION
C: IG EPSILON CHAIN C REGION
D: IG EPSILON CHAIN C REGION
E: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
F: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
G: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
H: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,98412
ポリマ－164,3418
非ポリマー3,6434
水543
1
A: IG EPSILON CHAIN C REGION
B: IG EPSILON CHAIN C REGION
E: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
F: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9926
ポリマ－82,1704
非ポリマー1,8222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: IG EPSILON CHAIN C REGION
D: IG EPSILON CHAIN C REGION
G: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
H: LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9926
ポリマ－82,1704
非ポリマー1,8222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.790, 63.840, 163.890
Angle α, β, γ (deg.)100.67, 90.13, 103.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
IG EPSILON CHAIN C REGION


分子量: 24920.146 Da / 分子数: 4 / 断片: HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 / 変異: N252Q, N264Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01854
#2: タンパク質
LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR / BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor ...BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor / Lymphocyte IgE receptor / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor membrane-bound form / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor soluble form


分子量: 16164.986 Da / 分子数: 4 / 断片: HUMAN DERCD23, UNP residues 156-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER2, CD23A, CLEC4J, FCE2, IGEBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06734
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→80.4 Å / Num. all: 31141 / Num. obs: 30145 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 61.53 Å2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASES位相決定
BUSTER2.10.0精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EZM

4ezm


解像度: 3.2→80.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8409 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1523 5.05 %RANDOM
Rwork0.2325 ---
all0.2341 31141 --
obs0.2341 30144 96.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3024 Å2-6.2953 Å2-3.3272 Å2
2---14.294 Å2-4.8153 Å2
3---7.9916 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.752 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→80.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10886 0 244 3 11133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00711480HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.915626HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d03948SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0244HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes01652HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it011480HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.25
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion01544SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact011674SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 148 4.94 %
Rwork0.2508 2849 -
all0.2525 2997 -
obs--96.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78280.32931.29530.7470.04611.91120.31810.1774-0.0495-0.0240.03050.146-0.18820.0783-0.3486-0.29670.194-0.01280.0461-0.0168-0.2877-32.699-13.138484.1931
24.7343-0.7820.66620.506-0.52581.23230.3166-0.0112-0.1921-0.0709-0.1852-0.0011-0.15710.3445-0.1314-0.3006-0.0717-0.08590.2234-0.1948-0.317-9.4058-15.384696.3309
34.3610.6132-0.66743.5544-0.29531.26690.2489-0.60960.2076-0.1360.1072-0.07430.04620.1679-0.3561-0.591-0.00110.00570.2131-0.1086-0.5093-41.8205-27.382322.2151
45.1382-0.6614-0.96811.724-0.05811.35720.3185-0.24760.3291-0.1492-0.05920.30710.16590.0658-0.2594-0.5031-0.07040.0257-0.0623-0.1547-0.4234-18.3779-24.215910.1634
51.03890.87521.34060.81071.48312.56970.0003-0.1731-0.03590.0752-0.0721-0.0523-0.04870.09370.0719-0.10360.15610.06910.50910.12720.0304-45.0417-40.396555.3573
60.7484-0.3214-0.53710.23360.51382.01520.1017-0.1666-0.2591-0.11170.03260.0561-0.1259-0.1861-0.1344-0.0589-0.0517-0.08230.52850.20110.0038-15.0678-22.2694-25.3891
70.5879-0.124-0.1531.28960.12380.00650.0159-0.28-0.0763-0.08080.04710.00090.2815-0.1525-0.063-0.10190.151-0.10040.7955-0.1228-0.1931-35.8231-1.835250.3573
80.3519-0.01340.05070.25390.49454.26950.0383-0.19440.0740.16690.01350.01680.1704-0.0669-0.0517-0.2890.02660.12960.38550.13880.051-6.1774-15.3953131.7926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|336 - A|545 A|601 - A|605 }A336 - 545
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|336 - A|545 A|601 - A|605 }A601 - 605
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|335 - B|545 B|601 - B|605 }B335 - 545
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|335 - B|545 B|601 - B|605 }B601 - 605
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|335 - C|545 C|601 - C|605 }C335 - 545
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|335 - C|545 C|601 - C|605 }C601 - 605
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|336 - D|545 D|601 - D|605 }D336 - 545
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|336 - D|545 D|601 - D|605 }D601 - 605
9X-RAY DIFFRACTION5{ E|158 - E|291 }E158 - 291
10X-RAY DIFFRACTION6{ F|158 - F|290 }F158 - 290
11X-RAY DIFFRACTION7{ G|158 - G|292 }G158 - 292
12X-RAY DIFFRACTION8{ H|159 - H|292 }H159 - 292

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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