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- PDB-4kgi: Crystal structure of a glutathione transferase family member from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgi
タイトルCrystal structure of a glutathione transferase family member from Shigella flexneri, target EFI-507258, bound GSH, TEV-his-tag linker in active site
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase fold / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from Shigella flexneri, target EFI-507258, bound GSH, TEV-His-tag linker in active site
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
C: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0588
ポリマ－101,8284
非ポリマー1,2294
水12,665703
1
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5294
ポリマ－50,9142
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5294
ポリマ－50,9142
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.849, 63.964, 64.238
Angle α, β, γ (deg.)94.410, 103.230, 92.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase


分子量: 25457.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 2a str. 2457T / 遺伝子: gst, SF2457T_2570 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3Y3H4, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (25 % v/v Jeffamine SD2001 0.1 M sodium malonate, 0.1 M MES-NaOH pH 5.5); Cryoprotection (reservoir + 20% ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (25 % v/v Jeffamine SD2001 0.1 M sodium malonate, 0.1 M MES-NaOH pH 5.5); Cryoprotection (reservoir + 20% diethylene glycol), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→63.675 Å / Num. all: 111907 / Num. obs: 111907 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5420 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.27データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N2A

1n2a


解像度: 1.6→26.267 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.8636 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 5606 5.01 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
all0.1776 111796 --
obs0.1776 111796 94.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.01 Å2 / Biso mean: 26.3971 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6516 0 80 703 7299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3219241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7092543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61820.30131680.26343451361993
1.6182-1.63720.29151920.25323468366093
1.6372-1.65720.26781870.23583537372494
1.6572-1.67820.24662070.22973435364294
1.6782-1.70020.27012000.22513506370694
1.7002-1.72350.28581880.21663502369094
1.7235-1.74820.24421910.2093491368294
1.7482-1.77420.25391730.19913556372994
1.7742-1.8020.22991840.19413510369495
1.802-1.83150.26191850.19743547373295
1.8315-1.86310.21471820.1893520370295
1.8631-1.89690.21111770.18023547372495
1.8969-1.93340.23971930.18893555374895
1.9334-1.97290.21311880.18793519370795
1.9729-2.01570.21851750.18593578375396
2.0157-2.06260.21441870.17713607379496
2.0626-2.11420.1961800.17843520370095
2.1142-2.17130.23771930.17453593378696
2.1713-2.23520.2152170.16623558377596
2.2352-2.30730.20191760.16823605378196
2.3073-2.38970.1811980.15933556375496
2.3897-2.48530.21431770.16513624380196
2.4853-2.59830.18691970.1613566376397
2.5983-2.73520.20132100.16333610382097
2.7352-2.90630.19551900.16993654384497
2.9063-3.13040.22031970.17673575377297
3.1304-3.44480.20221920.16763640383297
3.4448-3.94180.1951750.16023611378697
3.9418-4.96080.17951690.15223536370594
4.9608-26.27050.19651580.19383213337186
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1323-0.36740.37271.3135-1.19142.6459-0.01590.00160.21280.0739-0.0622-0.2035-0.14930.18180.06750.0687-0.02530.01310.09440.00450.12369.12880.632810.0127
22.55340.28630.15371.46480.12111.2711-0.00940.49020.1686-0.26340.04230.0334-0.05550.0895-0.02780.1148-0.00540.01270.19080.0440.0677-4.1801-0.2848-4.4034
32.12420.24790.2770.63660.87223.0452-0.03670.07480.2295-0.0603-0.09380.1656-0.1355-0.31430.10.07340.02660.00880.1132-0.00640.1266-27.59431.37854.4485
42.7017-0.55710.16991.8207-0.01411.2244-0.0511-0.4650.08360.28920.1057-0.00320.0136-0.0503-0.03010.11090.00490.00610.1581-0.01480.0649-14.2509-2.3418.4125
51.40440.7814-0.62691.9365-0.70591.4105-0.01760.14470.1356-0.22220.0166-0.2710.01890.2003-0.01450.13320.00810.02220.17360.03340.154435.3002-17.4728-44.5647
63.9228-1.1922-0.70474.06180.8363.9877-0.09020.1634-0.3241-0.31-0.0349-0.67050.50230.93120.01680.24330.09380.03280.32960.00850.318542.2477-26.276-38.945
71.81670.37250.19341.6508-0.44021.92470.06080.0483-0.061-0.0208-0.049-0.01320.14090.0568-0.00310.10430.0146-0.01840.079-0.00940.083924.3996-21.6938-31.3451
84.0153-3.9892-0.09958.063-0.06151.89490.0093-0.127-0.67460.285-0.02250.24920.6658-0.10430.03680.3289-0.0348-0.03740.13650.03780.283715.9709-38.9568-32.5691
93.96442.91271.10766.16790.8725.3586-0.5418-0.12691.10260.0361-0.11350.7462-0.8518-0.76550.42580.26580.0516-0.12530.2232-0.01050.320610.7139-17.4136-36.2738
101.9657-0.3806-0.01591.5422-0.15091.40120.0060.2989-0.1118-0.1804-0.0140.20890.0808-0.0330.0120.1645-0.0134-0.04260.1201-0.00480.118717.802-26.3814-44.0932
113.7239-4.7887-2.33387.89813.78972.1472-0.0695-0.07-0.0420.3031-0.07370.4920.0675-0.23750.12530.1879-0.04680.05950.2874-0.01690.216113.9657-20.5236-6.7734
121.64540.1844-0.35093.66291.35232.12680.1029-0.43790.10780.3469-0.13990.1350.1471-0.20120.03820.1446-0.00610.00120.2362-0.05150.101623.0709-20.594-8.1352
133.58270.6991-0.16443.7576-0.04872.90470.0462-0.2281-0.29690.2071-0.11860.58190.5041-0.63430.03730.2641-0.07920.02310.2764-0.03510.22814.5744-25.517-15.3198
142.74390.3386-2.92660.6361-0.58463.18580.0139-0.4030.4769-0.0757-0.09130.1204-0.29480.57480.040.1536-0.0169-0.01640.155-0.05910.186831.9738-8.6324-18.0222
151.8598-0.68990.2577.018-0.71542.1270.06830.12030.0451-0.0039-0.1016-0.22060.11340.24360.01960.11440.0136-0.02370.1403-0.01630.097634.3106-21.2578-25.3539
162.33730.5540.39973.80080.32842.27530.05940.1062-0.8737-0.00450.247-0.18380.74280.0932-0.24310.41970.0436-0.05870.1877-0.02930.331533.6662-39.745-22.1928
172.6867-1.95860.42278.4604-1.16024.1874-0.65710.13280.9192-0.04960.0683-0.9392-0.91370.8090.48960.301-0.0182-0.12950.3317-0.03250.301443.4214-18.9597-15.765
181.97950.783-0.23541.69380.33382.3050.0778-0.3489-0.26630.2340.0443-0.32480.29190.0862-0.08280.2180.0399-0.06810.1812-0.00180.142836.5211-29.5146-9.5995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 65 )A1 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 200 )A66 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 65 )B1 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 66 through 200 )B66 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid -5 through 29 )C-5 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 30 through 65 )C30 - 65
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 66 through 118 )C66 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 119 through 139 )C119 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 140 through 152 )C140 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 153 through 200 )C153 - 200
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid -5 through 9 )D-5 - 9
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 10 through 29 )D10 - 29
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 30 through 76 )D30 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 77 through 88 )D77 - 88
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 89 through 104 )D89 - 104
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 105 through 140 )D105 - 140
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 141 through 152 )D141 - 152
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 153 through 200 )D153 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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