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万見
- PDB-4kgf: Crystal structure of near-infrared fluorescent protein with an ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgf
タイトルCrystal structure of near-infrared fluorescent protein with an extended stokes shift, ph 8.0
要素TagRFP675, red fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEINSTRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCHCONSORTIUM / HYDROLASE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Piatkevich, K. / Almo, S.C. / Verkhusha, V. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Extended Stokes shift in fluorescent proteins: chromophore-protein interactions in a near-infrared TagRFP675 variant.
著者: Piatkevich, K.D. / Malashkevich, V.N. / Morozova, K.S. / Nemkovich, N.A. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TagRFP675, red fluorescent protein
B: TagRFP675, red fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6313
ポリマ－55,5952
非ポリマー351
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.893, 105.893, 217.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細dimeric

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要素

#1: タンパク質 TagRFP675, red fluorescent protein


分子量: 27797.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: PBAD/HIS-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Na-acetate, pH 4.5, 3.0M NaCl. Then Solution slowly replaced with 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 3.0M NaCl 8-10 min, color change (darker), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月22日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 35919 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.23-2.2714.10.92115250.791186.2
2.27-2.3115.70.74417700.8281100
2.31-2.3515.90.60217790.8051100
2.35-2.4160.5417520.8081100
2.4-2.4515.90.45117850.8441100
2.45-2.5115.90.43817610.8471100
2.51-2.5715.90.32517770.8661100
2.57-2.6415.90.28317750.8981100
2.64-2.7215.90.20717860.9351100
2.72-2.8115.90.18417760.977199.9
2.81-2.9115.90.14517850.9881100
2.91-3.0315.80.12217971.0311100
3.03-3.1615.70.08918071.1241100
3.16-3.3315.70.06817961.246199.9
3.33-3.5415.60.05618191.472199.9
3.54-3.8115.60.05418191.718199.8
3.81-4.215.40.05718332.4841100
4.2-4.815.10.05718453.397199.6
4.8-6.0514.60.04518932.1441100
6.05-5013.80.03420391.769199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KGE

4kge


解像度: 2.3→46.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 9.491 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 1650 5 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1932 32806 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.45 Å2 / Biso mean: 56.2677 Å2 / Biso min: 25.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.3 Å2-0 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 1 192 3749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.9745008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5575451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29724.176170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.13815651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9851520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212831
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 122 -
Rwork0.189 2201 -
all-2323 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1887-0.1358-0.61731.2309-0.21942.3518-0.01190.3097-0.1358-0.0665-0.1510.01030.3697-0.35030.16290.0695-0.0530.02520.1926-0.09560.1419-10.044934.97874.5048
21.69420.2163-1.73530.7421-0.8433.77030.0008-0.2886-0.11450.1716-0.1787-0.0954-0.19630.56610.1780.0634-0.0632-0.06740.12070.0910.1286-13.793637.126635.3898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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