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- PDB-4kg3: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Dcp2 Nudix domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kg3
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Dcp2 Nudix domain in complex with Mg (E153Q mutation)
要素mRNA-decapping enzyme subunit 2
キーワードHYDROLASE / Nudix / mRNA decay / mRNA decapping
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA decapping complex / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / cytoplasmic side of membrane / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...RNA decapping complex / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / cytoplasmic side of membrane / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / stress granule assembly / P-body / mRNA processing / manganese ion binding / hydrolase activity / mRNA binding / chromatin binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain ...mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
m7GpppN-mRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Aglietti, R.A. / Floor, S.N. / Gross, J.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Active site conformational dynamics are coupled to catalysis in the mRNA decapping enzyme dcp2.
著者: Aglietti, R.A. / Floor, S.N. / McClendon, C.L. / Jacobson, M.P. / Gross, J.D.
履歴
登録2013年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-decapping enzyme subunit 2
B: mRNA-decapping enzyme subunit 2
C: mRNA-decapping enzyme subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2076
ポリマ－52,1343
非ポリマー733
水6,413356
1
A: mRNA-decapping enzyme subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4022
ポリマ－17,3781
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: mRNA-decapping enzyme subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4022
ポリマ－17,3781
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: mRNA-decapping enzyme subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4022
ポリマ－17,3781
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.789, 49.270, 84.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.370, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-503-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping enzyme subunit 2 / Protein PSU1


分子量: 17377.926 Da / 分子数: 3 / 断片: Dcp2 Nudix domain / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DCP2, N1917, PSU1, YNL118C / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53550, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% Peg 3350, 0.1 M Mg Formate, 10 mM HEPES, 1 mM DTT, 50 mM NaCl, 100 mM Na2SO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.084 / 数: 230321
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54471 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 19.711
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 0.684 / Rsym value: 0 / % possible all: 99.8
Cell measurementReflection used: 230321

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.7 Å46.5 Å
Translation1.7 Å46.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→46.503 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8454 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 1713 3.14 %random
Rwork0.177 ---
obs0.1781 54471 85.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.39 Å2 / Biso mean: 35.7096 Å2 / Biso min: 13.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3567 0 3 356 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.114884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7551405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.75110.4151980.35453075317360
1.7511-1.80760.32091110.29063387349867
1.8076-1.87220.32281250.24583680380572
1.8722-1.94720.22081240.20333946407077
1.9472-2.03580.21081380.19274335447385
2.0358-2.14310.20561490.17554646479590
2.1431-2.27740.1931540.17324720487493
2.2774-2.45320.2211560.17074815497194
2.4532-2.70010.24281550.18114899505495
2.7001-3.09070.20851690.17664993516297
3.0907-3.89370.20811640.16645074523898
3.8937-46.52040.17871700.15195188535898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.53330.57850.7774.70590.52722.7984-0.1465-0.02890.22730.04440.13790.2306-0.0417-0.2303-0.00740.13150.008-0.04750.14850.04970.154544.510831.281391.8506
23.31690.38620.40223.4845-0.44854.3405-0.0690.2665-0.2075-0.24780.1534-0.05570.2158-0.0296-0.10140.1895-0.0139-0.04550.17420.01140.183347.417822.785789.5886
33.93371.0949-0.6423.7897-2.40043.4453-0.15750.116-0.0565-0.00590.2384-0.5521-0.0776-0.00260.01760.15140.0002-0.09410.1594-0.00280.245458.663430.447298.374
42.4818-2.0587-0.21772.3282-0.29322.2725-0.2750.14660.4925-0.06080.17860.2673-0.5071-0.51760.06160.25780.0422-0.10620.26980.02680.362539.250539.084892.1007
56.37870.24370.29135.3338-0.44547.8922-0.20170.65640.269-0.4179-0.1191.0689-0.3876-0.56240.06430.2570.0173-0.12270.3409-0.01960.410932.480228.11285.6636
62.7131-0.00950.68332.8105-0.18835.27460.0699-0.0130.0258-0.00660.08240.0737-0.1036-0.1962-0.04310.1410.035-0.00040.15420.02560.105664.1918-0.637565.8897
73.68780.11560.68582.7973-0.15813.56580.05010.1429-0.2438-0.18540.13310.16070.1939-0.2799-0.10620.1699-0.0017-0.03140.18070.01290.147463.4224-9.347463.6362
84.9844-0.4935-2.96422.28130.86525.902-0.1153-0.37870.25090.19190.1968-0.0487-0.13880.256-0.08910.22190.021-0.03810.1183-0.02540.140768.55273.129468.5978
95.51441.84291.11215.01943.69082.7267-0.0928-0.04840.6825-0.37010.29290.7211-0.7189-0.50230.15290.39530.14410.03130.30330.09680.287958.07418.844667.7425
103.09091.7753-0.02822.20731.47691.87750.3151-0.0332-0.01680.5586-0.01730.3487-0.2249-0.6533-0.05790.20860.03010.0320.2690.04230.153953.8319-7.397280.4863
114.24430.28980.43372.78130.37722.435-0.0997-0.230.07770.22310.29160.1125-0.4306-0.066-0.05210.270.1066-0.00060.27730.00510.135552.546715.81337.1053
121.4917-0.1783-0.37862.72770.22482.5226-0.272-0.3608-0.20030.15120.27760.57730.1585-0.46570.07630.24380.08130.02990.34360.09740.23749.36227.246436.3587
132.73260.89650.78971.85621.29585.8152-0.1741-0.05680.3110.20150.24110.0078-0.52150.5450.00320.38270.0442-0.05080.1863-0.01620.202556.484618.652833.3845
145.45010.8543-1.22590.2692-1.00165.1409-0.2105-0.85680.75420.65650.26290.1664-1.1289-0.1637-1.28130.66810.30760.01650.4476-0.06570.340150.82125.795243.4106
152.8081-0.8720.45333.1757-0.28860.08130.1218-0.3194-0.10730.3929-0.04280.3066-0.9906-0.6071-0.06070.57520.16390.01090.44560.04190.205758.31289.120453.0554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 102:131 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 132:192 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 193:198 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 199:223 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 224:239 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 101:131 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 132:192 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 193:213 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 214:227 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 228:245 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 102:132 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 133:192 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 193:211 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 212:227 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 228:245 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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