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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kfv | ||||||
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タイトル | Structural insight into Golgi membrane stacking by GRASP65 and GRASP55 | ||||||
要素 | Golgi reassembly-stacking protein 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PDZ Domain / Golgi stacking protein / Golgi | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPI-mediated anterograde transport / establishment of protein localization to plasma membrane / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / negative regulation of dendrite morphogenesis / COPII-mediated vesicle transport / protein N-linked glycosylation / Golgi organization / protein transport / Golgi membrane / Golgi apparatus ...COPI-mediated anterograde transport / establishment of protein localization to plasma membrane / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / negative regulation of dendrite morphogenesis / COPII-mediated vesicle transport / protein N-linked glycosylation / Golgi organization / protein transport / Golgi membrane / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Hu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Structural insight into Golgi membrane stacking by GRASP65 and GRASP55 proteins 著者: Feng, Y. / Yu, W. / Li, X. / Lin, S. / Zhou, Y. / Hu, J. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kfv.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kfv.ent.gz | 38 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/4kfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/4kfv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23050.912 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gorasp1, GRASP 65, rCG_25352 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1WBR1, UniProt: O35254*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) 25% PEG3350, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月10日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 60785 / Num. obs: 9540 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→34.063 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.99 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.063 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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