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- PDB-4kft: Structure of the genome packaging NTPase B204 from Sulfolobus tur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kft
タイトルStructure of the genome packaging NTPase B204 from Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 in complex with ATP-gammaS
要素Genome packaging NTPase B204
キーワードHYDROLASE / FtsK-HerA superfamily / P-loop ATPase / genome packaging NTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / CITRATE ANION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.241 Å
データ登録者Happonen, L.J. / Oksanen, E. / Kajander, T. / Goldman, A. / Butcher, S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: The Structure of the NTPase That Powers DNA Packaging into Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus 2.
著者: Happonen, L.J. / Oksanen, E. / Liljeroos, L. / Goldman, A. / Kajander, T. / Butcher, S.J.
履歴
登録2013年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome packaging NTPase B204
B: Genome packaging NTPase B204
C: Genome packaging NTPase B204
D: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,92326
ポリマ－99,6314
非ポリマー4,29222
水3,981221
1
A: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0145
ポリマ－24,9081
非ポリマー1,1064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,50610
ポリマ－24,9081
非ポリマー1,5989
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5214
ポリマ－24,9081
非ポリマー6133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8827
ポリマ－24,9081
非ポリマー9746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.726, 65.185, 71.620
Angle α, β, γ (deg.)90.55, 93.65, 91.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Genome packaging NTPase B204


分子量: 24907.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)
遺伝子: B204, STIV2_B204 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566/pTF16 / 参照: UniProt: D5IEZ9, 加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 243分子

#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, 30% PEG8000, 5 mM ATPyS, protein in 50 mM sodium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→46.613 Å / Num. all: 39248 / Num. obs: 39248 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.39 % / Biso Wilson estimate: 31.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.82
反射 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 5963 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KFR

4kfr


解像度: 2.241→46.613 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 1963 5 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1844 39238 96.93 %-
all-39238 --
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.241→46.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 214 221 6707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2059185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4442339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.241-2.29680.35241210.26332296X-RAY DIFFRACTION85
2.2968-2.35880.31911410.23442686X-RAY DIFFRACTION97
2.3588-2.42830.29081420.22162691X-RAY DIFFRACTION97
2.4283-2.50660.31791400.22382664X-RAY DIFFRACTION98
2.5066-2.59620.30261430.21062717X-RAY DIFFRACTION97
2.5962-2.70010.33431400.20972652X-RAY DIFFRACTION98
2.7001-2.8230.30011410.21732688X-RAY DIFFRACTION98
2.823-2.97180.34221420.2252699X-RAY DIFFRACTION98
2.9718-3.1580.2791420.21062684X-RAY DIFFRACTION98
3.158-3.40180.25951420.18082710X-RAY DIFFRACTION98
3.4018-3.7440.2451410.16222672X-RAY DIFFRACTION98
3.744-4.28540.17971430.14742712X-RAY DIFFRACTION98
4.2854-5.39790.18491420.13232706X-RAY DIFFRACTION98
5.3979-46.62260.1931430.16772698X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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