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- PDB-4kf7: Nup188(aa1-1160) from Myceliophthora thermophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kf7
タイトルNup188(aa1-1160) from Myceliophthora thermophila
要素Nup188
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore inner ring / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / mRNA transport / protein import into nucleus
類似検索 - 分子機能
Nup188 SH3-like domain / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP188
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Schwartz, T.U. / Andersen, K.R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Scaffold nucleoporins Nup188 and Nup192 share structural and functional properties with nuclear transport receptors.
著者: Andersen, K.R. / Onischenko, E. / Tang, J.H. / Kumar, P. / Chen, J.Z. / Ulrich, A. / Liphardt, J.T. / Weis, K. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nup188


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2461
ポリマ－128,2461
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.028, 94.773, 91.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nup188


分子量: 128246.492 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-1160) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (菌類) / 遺伝子: MYCTH_2303581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2QD05
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 4.5-7.0% w/v PEG4000, 150 mM ammonium sulfate, 1 mM DTT, 1.0-2.5% tert-butanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→66.8 Å / Num. all: 41673 / Num. obs: 41673 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→66.759 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.8 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 1919 4.61 %RANDOM
Rwork0.1807 ---
obs0.1829 41661 99.97 %-
all-41673 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→66.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8516 0 0 128 8644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90411781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8193164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.71630.33421220.25052838X-RAY DIFFRACTION100
2.7163-2.78980.2831550.23222819X-RAY DIFFRACTION100
2.7898-2.87190.30421440.2292822X-RAY DIFFRACTION100
2.8719-2.96450.26781250.22432845X-RAY DIFFRACTION100
2.9645-3.07050.24131250.21592799X-RAY DIFFRACTION100
3.0705-3.19340.24871420.19372821X-RAY DIFFRACTION100
3.1934-3.33880.26111330.19282844X-RAY DIFFRACTION100
3.3388-3.51480.22231310.18052833X-RAY DIFFRACTION100
3.5148-3.7350.24621300.17422833X-RAY DIFFRACTION100
3.735-4.02330.21761350.16582841X-RAY DIFFRACTION100
4.0233-4.42810.20421290.15252854X-RAY DIFFRACTION100
4.4281-5.06870.19611510.15032843X-RAY DIFFRACTION100
5.0687-6.38520.23231450.20362847X-RAY DIFFRACTION100
6.3852-66.78010.18291520.16532903X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0256-0.37020.80411.6072-0.45330.6326-0.31750.9205-0.6267-0.32750.41690.17240.5006-0.0686-0.01780.5427-0.24250.06240.4969-0.26330.584640.050722.91635.3779
22.05630.37910.83771.9608-0.82881.3784-0.25490.83630.2767-0.10290.18021.0194-0.3915-0.3584-0.05450.5814-0.2669-0.10110.62520.0460.733522.847435.981433.1164
33.96072.17230.43381.441.15472.1548-0.36070.6115-0.191-0.20540.3050.01280.17260.01980.01330.3005-0.09510.02210.1581-0.01350.255346.940834.627142.3195
43.24091.2206-0.16271.88840.14152.8430.0053-0.15850.06120.0826-0.0054-0.10520.18170.2456-0.01730.18730.0473-0.0050.05150.01070.191662.400546.535760.004
53.27871.05291.91651.16391.04081.67090.2033-0.98780.12960.3222-0.44160.25770.3065-0.459-0.0440.4249-0.21230.13930.596-0.01270.354929.921632.534376.1061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 180 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 327 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 328 through 591 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 592 through 1149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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