PDB-4kem: Crystal structure of a tartrate dehydratase from azospirillum, ta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kem

タイトル

Crystal structure of a tartrate dehydratase from azospirillum, target efi-502395, with bound mg and a putative acrylate ion, ordered active site

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

キーワード

LYASE (リアーゼ) / TARTRATE DEHYDRATASE /

MANDELATE RACEMASE FAMILY (マンデル酸ラセマーゼ) /

ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

D(-)-tartrate dehydratase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azospirillum sp. B510 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Wichelecki, D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a tartrate dehydratase from azospirillum, target efi-502395, with bound mg and a putative acrylate ion, ordered active site
著者: Vetting, M.W. / Wichelecki, D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kem.cif.gz	455 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kem.ent.gz	376.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4kem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4kem	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2dw7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2dw7-7 2dw7-2 2dw7-4 2dw7-5 2dw6-2 2dw7-8 2ovl-1 2dw7-6 3ck5-3 3ck5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-502395

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.167, 82.925, 103.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is dimer

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme 分子量: 42982.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azospirillum sp. B510 (バクテリア) 株: sp. B510 / 遺伝子: AZL_d02920 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D3P639
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸 / アクリル酸分子量: 72.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: Protein (30 mM NaCl, 2% glycerol, 200 mM MesoTartrate); Reservoir (100 mM Hepes pH 7.6, 20 mM Mg, 20% PolyAcrylic Acid NaSalt 5100); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), sitting drop ...詳細: Protein (30 mM NaCl, 2% glycerol, 200 mM MesoTartrate); Reservoir (100 mM Hepes pH 7.6, 20 mM Mg, 20% PolyAcrylic Acid NaSalt 5100); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Protein (30 mM NaCl, 2% glycerol, 200 mM MesoTartrate); Reservoir (100 mM Hepes pH 7.6, 20 mM Mg, 20% PolyAcrylic Acid NaSalt 5100); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), sitting drop ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→100 Å / Num. all: 189451 / Num. obs: 189451 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.596 / % possible all: 56.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DW7

2dw7

解像度: 1.3→21.399 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.886 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1859	9474	5 %	RANDOM
R_work	0.1644	-	-	-
all	0.1655	189399	-	-
obs	0.1655	189399	93.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.15 Å² / B_iso mean: 13.0523 Å² / B_iso min: 3.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→21.399 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6046	0	18	1221	7285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	8443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	884
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1121
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.088	2285

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.2733	291	0.2661	5630	5921	87
1.3148-1.3302	0.2694	301	0.2513	5593	5894	88
1.3302-1.3465	0.2419	269	0.2402	5708	5977	88
1.3465-1.3635	0.2396	340	0.236	5637	5977	88
1.3635-1.3814	0.251	310	0.2241	5666	5976	89
1.3814-1.4004	0.2282	300	0.2187	5777	6077	89
1.4004-1.4204	0.2282	310	0.2115	5675	5985	89
1.4204-1.4416	0.231	272	0.2058	5798	6070	89
1.4416-1.4641	0.2327	333	0.1992	5816	6149	91
1.4641-1.4881	0.2346	288	0.1949	5821	6109	91
1.4881-1.5137	0.1976	326	0.1765	5877	6203	91
1.5137-1.5412	0.1865	315	0.1702	5860	6175	92
1.5412-1.5709	0.2171	325	0.1652	5928	6253	92
1.5709-1.6029	0.1954	297	0.1609	5968	6265	93
1.6029-1.6378	0.1934	298	0.1571	6020	6318	93
1.6378-1.6759	0.1836	297	0.1528	6043	6340	93
1.6759-1.7178	0.1822	322	0.153	6002	6324	94
1.7178-1.7642	0.1793	283	0.1555	6113	6396	94
1.7642-1.8161	0.1932	324	0.1571	6063	6387	94
1.8161-1.8746	0.1809	344	0.152	6069	6413	95
1.8746-1.9416	0.1718	319	0.1538	6199	6518	96
1.9416-2.0193	0.1707	321	0.153	6187	6508	96
2.0193-2.1111	0.1747	335	0.1531	6209	6544	96
2.1111-2.2223	0.1675	337	0.1541	6187	6524	97
2.2223-2.3614	0.1655	329	0.1484	6320	6649	97
2.3614-2.5434	0.1749	329	0.1437	6287	6616	98
2.5434-2.7989	0.1614	348	0.1474	6305	6653	98
2.7989-3.2027	0.1734	332	0.1515	6345	6677	98
3.2027-4.0307	0.1602	324	0.1475	6386	6710	98
4.0307-21.4018	0.1804	355	0.1625	6436	6791	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6288	-0.0994	-0.1596	1.6587	0.5505	1.1938	0.0161	-0.0219	0.0396	0.0598	-0.0714	0.2458	-0.1256	-0.1907	0.0655	0.0766	0.0176	0.0022	0.0798	0.0187	0.0761	-6.7934	22.7461	20.3428
2	0.4262	-0.4019	0.0871	0.758	-0.2697	0.4268	-0.0363	-0.082	-0.0633	0.1077	0.0661	0.0965	-0.0495	-0.0508	-0.0238	0.073	0.0038	0.01	0.0783	0.019	0.0761	-2.5782	19.6396	26.1571
3	0.4863	-0.166	0.191	0.3456	-0.5279	0.65	-0.0761	-0.0814	0.0434	0.2939	0.056	0.0026	-0.2653	-0.0206	0.01	0.1538	0.0136	-0.0011	0.0699	-0.0013	0.0477	3.8185	28.8858	30.1402
4	0.1294	0.0538	-0.0884	1.4893	0.148	0.4475	-0.0324	0.0309	0.0138	-0.1543	0.0023	0.0207	-0.0729	0.0001	0.0241	0.0669	0.0071	-0.0224	0.0537	0.0048	0.0549	3.6626	25.7078	2.8017
5	0.2387	-0.0479	0.0985	0.5092	0.0728	0.6598	0.003	0.0538	-0.0089	-0.1047	-0.0021	-0.0186	0.0045	0.0794	-0.0005	0.0683	-0.0007	0.0017	0.0583	0.0057	0.0394	15.1708	13.4585	3.9248
6	0.5506	-0.2176	0.1261	0.6152	-0.1898	0.4617	-0.0085	0.0122	0.0166	-0.0116	0.0112	0.0379	-0.0295	-0.0222	0.0007	0.081	-0.0029	-0.0061	0.0583	0.004	0.0523	3.2724	28.7015	11.4365
7	0.6422	-0.0201	0.2849	0.982	0.0737	0.8669	0.033	-0.0491	-0.1149	-0.0321	0.0316	0.1979	0.0824	-0.1436	-0.0121	0.0631	-0.0129	-0.0113	0.0693	0.0309	0.0978	-1.3525	0.4646	34.674
8	0.4185	-0.1821	-0.0087	0.2835	-0.2831	0.5457	0.0504	0.0494	-0.094	-0.2376	0.0672	0.2028	0.2351	-0.0669	-0.0684	0.1476	-0.025	-0.0597	0.0693	0.0108	0.0924	2.0723	-6.9532	23.5222
9	0.1791	0.1503	0.1114	1.1729	0.0938	0.1654	0.0003	-0.0334	-0.0166	0.0833	0.0101	-0.0508	0.0417	0.0017	-0.01	0.0939	0.0047	0.0012	0.0605	0.0017	0.039	19.5096	1.2514	48.3699
10	0.5047	0.1376	0.1017	0.9209	-0.2465	1.3603	-0.0145	0.0294	0.0166	0.0442	-0.0106	-0.0852	-0.0074	0.0835	0.0348	0.0431	0.0004	-0.0024	0.058	0.0025	0.0535	28.3528	12.2081	39.1988
11	0.5902	0.0625	-0.1136	0.7693	-0.2732	0.5466	-0.0088	0.0098	-0.0136	-0.0527	0.0092	-0.0312	0.059	0.0401	-0.0069	0.0632	0.0056	-0.0045	0.0503	-0.0005	0.0404	19.7565	-0.4017	32.8654
12	0.7067	0.1094	0.4422	1.1491	-0.2877	1.1536	0.0287	-0.0228	0.053	0.1297	0.037	0.174	0.031	-0.1264	-0.0508	0.0843	-0.0068	0.0183	0.0704	0.0225	0.0808	4.7512	-9.8761	45.8945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 45 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 71 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 126 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 127 through 174 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 296 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 297 through 390 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 71 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 72 through 126 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 127 through 203 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 204 through 254 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 255 through 351 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 352 through 390 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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