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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kb1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNase T in complex with a bluge DNA (two nucleotide insertion CT ) | ||||||
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![]() | Hydrolase/dna / DnaQ / DEDD / exonuclease / DNA repair / Hydrolase-dna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response ...rRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways. 著者: Hsiao, Y.Y. / Fang, W.H. / Lee, C.C. / Chen, Y.P. / Yuan, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25719.035 Da / 分子数: 2 / 断片: RNase T / 変異: NO / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 5459.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.10% w/v n-Octyl- -D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, 22% Polyethylene glycol 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 65372 / Num. obs: 65372 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 27.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 6473 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NGY 解像度: 1.8→28.621 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.621 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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