PDB-4k8h: OYE1-W116V complexed with (R)-carvone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k8h

タイトル

OYE1-W116V complexed with (R)-carvone

要素

NADPH dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Old Yellow Enzyme / carvone / TIM-barrel / NADPH dehydrogenase 1

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces pastorianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Sullivan, B. / Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.

引用

ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2013
タイトル: X‑ray Crystallography Reveals How Subtle Changes Control the Orientation of Substrate Binding in an Alkene Reductase
著者: Pompeu, Y.A. / Sullivan, B. / Stewart, J.D.

履歴

登録	2013年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k8h.cif.gz	254.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k8h.ent.gz	205.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3txzC 4gbuC 4ge8C 4gweC 4gxmC 4h6kC 4k7vC 4k7yC 4k8eC 3rnd 3tx9 4h4i C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rnd-1 3tx9-1 4gbu-1 4h4i-1 4k7y-1 1oyc-1 1oyb-1 4h6k-1 4k8e-1 5v4p-3 4k7v-1 4tmb-2 1oya-1 4rnw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
92.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.443, 141.443, 42.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-902- HOH
2	1	A-993- HOH
3	1	A-1026- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1 分子量: 44984.562 Da / 分子数: 1 / 変異: W116V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 550分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-07V / (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one / R-carvone / (-)-カルボン分子量: 150.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄O
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→35.4862 Å / Num. obs: 63649 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 36.7
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 6275 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→35.477 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.162	6107	10 %	10% random
R_work	0.1245	-	-	-
obs	0.1282	63553	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3171	0	72	542	3785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.205	4599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.175	1279
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5673	0.2141	206	0.1427	1854	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5673-1.5857	0.2221	213	0.1266	1914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.605	0.19	205	0.1161	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.605-1.6253	0.1767	208	0.1102	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6253-1.6467	0.1844	213	0.105	1911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6467-1.6693	0.1666	205	0.0974	1838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6693-1.6931	0.1506	208	0.0985	1870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6931-1.7184	0.1696	211	0.0967	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7184-1.7453	0.178	208	0.0965	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7453-1.7739	0.1636	210	0.0996	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7739-1.8045	0.1691	209	0.0993	1883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8045-1.8373	0.1673	210	0.1001	1891	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8373-1.8726	0.1615	212	0.1184	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8726-1.9108	0.2118	207	0.1313	1861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9108-1.9524	0.1964	212	0.1336	1904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9524-1.9978	0.1608	210	0.1155	1893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9978-2.0477	0.1578	212	0.1079	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0477-2.1031	0.1537	208	0.1094	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1031-2.165	0.1471	212	0.1089	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.165-2.2348	0.1452	213	0.1148	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2348-2.3147	0.1736	207	0.1246	1877	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3147-2.4074	0.1683	214	0.1062	1919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4074-2.5169	0.1431	214	0.109	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5169-2.6496	0.1495	213	0.1096	1915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6496-2.8155	0.1442	212	0.1213	1914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8155-3.0328	0.1369	216	0.1339	1943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0328-3.3378	0.1713	216	0.1418	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3378-3.8203	0.1522	218	0.1403	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8203-4.8112	0.1482	221	0.1286	1992	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8112-35.4862	0.1826	234	0.1753	2100	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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