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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k83 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of lv-ranaspumin (Lv-RSN-1) from the foam nest of Leptodactylus vastus, orthorhombic crystal form | ||||||
要素 | Lv-ranaspumin (Lv-RSN-1) | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / alpha-helical / surfactant protein / foam nest / frog / amphibian | ||||||
機能・相同性 | extracellular region / Ranaspumin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptodactylus vastus (カエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Hissa, D.C. / Bezerra, G.A. / Melo, V.M.M. / Gruber, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014 タイトル: Unique Crystal Structure of a Novel Surfactant Protein from the Foam Nest of the Frog Leptodactylus vastus. 著者: Cavalcante Hissa, D. / Arruda Bezerra, G. / Birner-Gruenberger, R. / Paulino Silva, L. / Uson, I. / Gruber, K. / Maciel Melo, V.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k83.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k83.ent.gz | 40 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k83_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4k83_full_validation.pdf.gz | 424.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k83_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k83_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k83 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23492.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: foam nest / 由来: (天然) Leptodactylus vastus (カエル) / 参照: UniProt: P85507*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.25 M sodium acetate, 28% PEG 3350, pH 8.0, vapour diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9497 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月5日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Bartels / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9497 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→51.359 Å / Num. all: 20733 / Num. obs: 20733 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 25.4 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 43.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4K82 解像度: 1.75→47.03 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.2769 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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