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- PDB-4k3v: Structure of Staphylococcus aureus MntC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k3v
タイトルStructure of Staphylococcus aureus MntC
要素ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mn2+ specific mntABC transporter
機能・相同性Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Parris, K.D. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Three-Dimensional Structure and Biophysical Characterization of Staphylococcus aureus Cell Surface Antigen-Manganese Transporter MntC.
著者: Gribenko, A. / Mosyak, L. / Ghosh, S. / Parris, K. / Svenson, K. / Moran, J. / Chu, L. / Li, S. / Liu, T. / Woods, V.L. / Jansen, K.U. / Green, B.A. / Anderson, A.S. / Matsuka, Y.V.
履歴
登録2013年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
B: ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7034
ポリマ－69,5932
非ポリマー1102
水2,774154
1
A: ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8522
ポリマ－34,7971
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8522
ポリマ－34,7971
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.480, 68.360, 107.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein


分子量: 34796.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: JKD6159 / 遺伝子: mntC, SAA6159_00586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9RF12
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Protein: 5.4 mg/ml, 150 mM sodium chloride, 25 mM tris hydrochloride, pH 8.0 Well: 34% Jeffamine ED-2001, 100 mM HEPES, pH 7.8 at 18C., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23 Å / Num. all: 26334 / Num. obs: 24405 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.7 / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HH8

3hh8


解像度: 2.2→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9108 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8959 / SU R Cruickshank DPI: 0.578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 1039 5.06 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.199 20528 79.03 %-
all-24405 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6809 Å20 Å20 Å2
2--7.3512 Å20 Å2
3----16.032 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.257 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 2 154 4404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094325HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.185807HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1588SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes136HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes590HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4325HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion559SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4990SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 122 4.94 %
Rwork0.2004 2346 -
all0.2029 2468 -
obs--79.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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