PDB-4k09: Crystal structure of BbTX-II from Bothrops brazili venom

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k09

タイトル

Crystal structure of BbTX-II from Bothrops brazili venom

要素

BbTX-II

キーワード

TOXIN / Phospholipases A2

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops brazili (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.107 Å

データ登録者

Fernandes, C.A.H. / Comparetti, E.J. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural bases for a complete myotoxic mechanism: Crystal structures of two non-catalytic phospholipases A2-like from Bothrops brazili venom.
著者: Fernandes, C.A.H. / Comparetti, E.J. / Borges, R.J. / Huancahuire-Vega, S. / Ponce-Soto, L.A. / Marangoni, S. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2013年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k09.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k09.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k09_validation.pdf.gz	425 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k09_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	4k09_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	4k09_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/4k09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/4k09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k06C 2q2j 3i3h C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q2j-d 2h8i-d 3hzd-d 4wtb-d 3i3h-d 4yft-d 6b81-d 6b83-d 3sw9-2 2og7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: BbTX-II

B: BbTX-II

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.437, 56.437, 129.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	BbTX-II 分子量: 13781.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops brazili (ヘビ) / 参照: UniProt: I6L8L6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS ...A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS USED IN THIS ENTRY. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.25M lithium sulfate, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.435 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射	モノクロメーター: Single Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.435 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.107→32.3 Å / Num. obs: 13823 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.107→32.295 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	699	5.06 %
R_work	0.1936	-	-
obs	0.196	13324	96.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.4949 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.107→32.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1788	0	0	191	1979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.835	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.521	656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	322

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1068-2.2695	0.3015	148	0.2334	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2695-2.4978	0.2589	143	0.2116	2617	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4978-2.859	0.2663	147	0.2096	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.859-3.6013	0.2352	130	0.1886	2636	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6013-32.2993	0.2277	131	0.181	2604	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4889	-0.3346	2.8744	2.3899	-0.2697	5.0948	0.7914	-0.1376	0.4852	-0.353	-0.4844	0.4812	0.939	-1.0533	-0.209	0.3421	0.0131	0.0143	0.338	0.0357	0.222	23.4165	-24.18	-11.7293
2	3.2395	0.0655	-1.1666	1.7983	-0.744	4.6825	0.4466	-0.0919	1.1351	0.8974	0.0896	-0.5673	-0.4868	-0.7916	-0.2623	0.6134	-0.0386	0.0837	0.2004	0.0359	0.4056	27.9771	-18.3979	-4.8324
3	1.4996	-0.94	0.1265	1.454	0.9011	2.3185	0.6125	0.7497	1.2976	-0.7207	0.1281	-0.7156	-1.2971	0.2702	0.296	0.726	0.0927	0.3389	0.4187	0.2663	0.6919	32.5677	-12.2961	-16.5684
4	2.0201	-0.3547	-0.4854	1.259	0.2795	2.6392	0.4765	0.6973	0.041	-1.0082	-0.1644	0.5029	0.5582	-0.8818	-0.2095	0.5036	0.0175	-0.042	0.5747	0.0584	0.3384	19.361	-16.544	-25.53
5	3.9008	-2.4019	-1.7549	3.4679	-0.5858	3.0384	0.2991	0.9381	0.0988	-0.3516	-0.1347	-0.0407	0.0774	-0.0022	-0.0423	0.3893	0.0524	0.0535	0.2974	0.131	0.2719	24.359	-27.887	-19.519
6	0.025	-0.0653	0.0984	0.1527	0.4327	1.078	0.753	0.6047	0.9154	-0.7364	0.4705	-0.44	-1.8554	0.6918	-0.1039	1.1164	-0.1035	0.423	0.292	0.1492	0.9633	36.058	-14.261	-6.163
7	2.8633	-1.1066	-0.5823	4.9604	-1.2445	2.1722	-0.2345	-0.0362	-0.4637	-0.3135	0.1003	-0.5161	0.6177	0.0188	0.1517	0.3906	0.0163	0.0636	0.209	-0.0166	0.3347	14.5764	-5.8625	-2.8476
8	2.7646	-0.2898	-0.0154	4.1683	1.4385	5.5531	-0.123	0.3507	0.0826	-0.9758	0.1084	-0.5631	0.1694	0.0584	-0.0204	0.4249	-0.0003	0.114	0.2594	0.0168	0.295	14.8829	8.4474	-7.6532
9	2.1942	0.1929	-0.4569	4.0865	1.3617	1.3928	-0.3071	-0.0163	-0.1807	-0.3368	0.1723	-0.1165	0.5816	-0.3301	0.0848	0.3139	-0.0016	0.04	0.1697	-0.0253	0.2425	10.819	5.802	-5.834
10	0.343	0.5262	-0.7498	0.6719	-0.74	1.7203	-0.9647	-0.028	-0.1238	-0.4505	-0.3014	-0.7644	0.464	0.2774	0.6618	0.814	0.1345	0.2302	0.3515	0.0108	1.0409	14.765	-12.59	5.244

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 15:21)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 22:52)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 53:71)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 72:107)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 108:121)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 1:53)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 57:79)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 80:107)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 108:121)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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