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- PDB-4k00: Crystal structure of Slr0204, a 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k00
タイトルCrystal structure of Slr0204, a 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase from Synechocystis
要素1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
キーワードHYDROLASE / hotdog fold / thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase / phylloquinone biosynthetic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Furt, F. / Allen, W.J. / Widhalm, J.R. / Madzelan, P. / Rizzo, R.C. / Basset, G. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Functional convergence of structurally distinct thioesterases from cyanobacteria and plants involved in phylloquinone biosynthesis.
著者: Furt, F. / Allen, W.J. / Widhalm, J.R. / Madzelan, P. / Rizzo, R.C. / Basset, G. / Wilson, M.A.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6123
ポリマ－31,5502
非ポリマー621
水3,297183
1
A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2236
ポリマ－63,0994
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.496, 54.496, 191.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 137 / Label seq-ID: 6 - 140

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase / DHNA-CoA hydrolase / DHNA-CoA thioesterase


分子量: 15774.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr0204 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q55777, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.35 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 400 mM Li2SO4, 100 mM CAPS, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月21日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.8 Å / Num. all: 23811 / Num. obs: 23811 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HX5

2hx5


解像度: 1.9→35.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.171 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20074 1169 4.9 %RANDOM
Rwork0.17011 ---
all0.17164 23704 --
obs0.17164 23704 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 4 183 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9271.9293085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.60434707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8495281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11324.234111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1715337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6661510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02557
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7200 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 92 -
Rwork0.232 1632 -
obs-1724 99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54320.6604-1.07892.1005-0.38771.6251-0.0444-0.0881-0.08550.13580.01450.01690.0997-0.01750.02990.0320.0069-0.00430.01910.00510.013820.4254-36.336215.9436
21.01530.68390.1073.89480.34631.9446-0.0018-0.04020.18310.0044-0.0174-0.0065-0.269-0.0410.01930.03910.0087-0.00040.0118-0.00330.040115.5953-17.25595.275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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