PDB-4jyp: crystal Structure of KAI2 Apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jyp

タイトル

crystal Structure of KAI2 Apo form

要素

Hydrolase, alpha/beta fold family protein

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

de-etiolation / response to karrikin / photomorphogenesis / hydrolase activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Guo, Y. / Zheng, Z. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Smoke-derived karrikin perception by the alpha/beta-hydrolase KAI2 from Arabidopsis.
著者: Guo, Y. / Zheng, Z. / La Clair, J.J. / Chory, J. / Noel, J.P.

履歴

登録	2013年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jyp.cif.gz	132.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jyp.ent.gz	103.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/4jyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/4jyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jymC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hrx-d 4jym-1 6uh9-2 4hta-d 4ih1-d 5z9g-d 5yz7-1 6ap6-2 4jym-2 3ks3-d 6yzk-d 6xfo-1 5z7w-2 4ih4-2 4dnq-4 4dnq-12 4dnq-8 4ih4-3 4dnq-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydrolase, alpha/beta fold family protein

B: Hydrolase, alpha/beta fold family protein

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrolase, alpha/beta fold family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hydrolase, alpha/beta fold family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.690, 53.210, 55.770
Angle α, β, γ (deg.)	89.49, 89.76, 63.84
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Hydrolase, alpha/beta fold family protein / KAI2 分子量: 29815.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT4g37470, F6G17.120, KAI2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SZU7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M Na+-PIPES (pH 6.5), 0.3 M NaBr and 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→26.488 Å / Num. all: 115956 / Num. obs: 115956 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 2.3 % / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.109 / R_sym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 3.794 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 261965

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	27.88 Å
Translation	2.5 Å	27.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.4.0	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

解像度: 1.3→26.488 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8883 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	5837	5.04 %
R_work	0.1688	110071	-
obs	0.1699	115908	90.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.82 Å² / B_iso mean: 14.1245 Å² / B_iso min: 2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4148	0	0	761	4909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4343
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.091	5938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.274	1586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.3741	124	0.311	2621	X-RAY DIFFRACTION	66
1.3148-1.3302	0.2841	151	0.2832	2886	X-RAY DIFFRACTION	70
1.3302-1.3465	0.2915	158	0.2645	2828	X-RAY DIFFRACTION	70
1.3465-1.3635	0.2608	177	0.2446	2833	X-RAY DIFFRACTION	70
1.3635-1.3815	0.3201	150	0.2295	2874	X-RAY DIFFRACTION	71
1.3815-1.4004	0.2234	201	0.2289	3778	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4004-1.4204	0.2227	198	0.2157	3676	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4204-1.4416	0.2303	187	0.2029	3804	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4416-1.4641	0.1969	226	0.1999	3659	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4641-1.4881	0.2194	172	0.1955	3803	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4881-1.5138	0.2164	208	0.1821	3753	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5138-1.5413	0.1868	215	0.1735	3771	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5413-1.5709	0.1677	171	0.1607	3837	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5709-1.603	0.1835	233	0.1561	3743	X-RAY DIFFRACTION	93
1.603-1.6378	0.1705	192	0.1641	3817	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6378-1.6759	0.202	193	0.1626	3818	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6759-1.7178	0.1983	208	0.1629	3832	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7178-1.7643	0.1777	187	0.1629	3839	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7643-1.8162	0.1947	211	0.1654	3847	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8162-1.8748	0.177	188	0.1587	3895	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8748-1.9418	0.2126	201	0.1633	3843	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9418-2.0195	0.1844	207	0.1584	3894	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0195-2.1114	0.1869	201	0.1547	3881	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1114-2.2226	0.1709	211	0.1514	3922	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2226-2.3618	0.1548	205	0.154	3871	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3618-2.544	0.1767	211	0.1585	3927	X-RAY DIFFRACTION	96
2.544-2.7998	0.1788	204	0.1722	3938	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7998-3.2043	0.1953	204	0.1642	3914	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2043-4.0348	0.1784	218	0.1467	3971	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0348-26.4938	0.1817	225	0.1683	3996	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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