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万見
- PDB-4jyj: Crystal Structure of putative enoyl-CoA hydratase/isomerase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyj
タイトルCrystal Structure of putative enoyl-CoA hydratase/isomerase from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Crotonase/Enoyl-Coenzyme A (CoA) hydratase superfamily / PFAM PF00378
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Enoyl-CoA hydratase/isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Porebski, P.J. / Domagalski, M.J. / Ahmed, M. / Stead, M. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Zimmerman, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. ...Cooper, D.R. / Porebski, P.J. / Domagalski, M.J. / Ahmed, M. / Stead, M. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Zimmerman, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of putative enoyl-CoA hydratase/isomerase from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444
著者: Cooper, D.R. / Porebski, P.J. / Domagalski, M.J. / Ahmed, M. / Stead, M. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Zimmerman, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics ...著者: Cooper, D.R. / Porebski, P.J. / Domagalski, M.J. / Ahmed, M. / Stead, M. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Zimmerman, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0184
ポリマ－66,0182
非ポリマー02
水3,207178
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,05312
ポリマ－198,0536
非ポリマー06
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area29130 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area47450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.697, 112.697, 112.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A7 - 273
2010B7 - 273

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 33008.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_0518 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q2GB08
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE UNKNOWN LIGANDS APPEAR TO BE A PHOSPHATE OR SULFATE, BUT NEITHER WAS ...ACCORDING TO THE AUTHORS THE UNKNOWN LIGANDS APPEAR TO BE A PHOSPHATE OR SULFATE, BUT NEITHER WAS PRESENT DURING PURIFICATION OR CRYSTALLIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The drop was a mixture of 200 nl of 21.23 ml/ml protein with 200 nL of Hampton Research's Index HT condition G1 (25% PEG 3350, 200 mM NaCl, 100 mM Tris pH 8.5) equalibrated against a ...詳細: The drop was a mixture of 200 nl of 21.23 ml/ml protein with 200 nL of Hampton Research's Index HT condition G1 (25% PEG 3350, 200 mM NaCl, 100 mM Tris pH 8.5) equalibrated against a reservoir of 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.1 % / 数: 109153 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 0.91 / D res high: 2.3 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 21295 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.244098.810.0230.8965.3
4.956.2410010.0280.7665.9
4.334.9510010.031.0375.9
3.934.3310010.0320.8856
3.653.9310010.0410.9276
3.443.6510010.0510.8856
3.263.4410010.0740.8845.9
3.123.2610010.0960.8755.6
33.1210010.1110.885.4
2.9310010.1590.9115.2
2.812.910010.1860.9194.9
2.732.8110010.2330.9314.7
2.662.7399.910.2720.9484.6
2.592.6699.610.3110.9424.5
2.532.5999.510.3730.8954.4
2.482.5399.210.4230.9474.4
2.432.4899.510.4620.9154.4
2.382.4399.110.5850.9244.4
2.342.3898.810.6740.9614.4
2.32.3498.810.6410.9264.4
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 24422 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル解像度: 2→2.24 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 1177 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.1804 / WRfactor Rwork: 0.1373 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8937 / SU B: 7.917 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.0596 / SU Rfree: 0.0418 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 1247 5.1 %RANDOM
Rwork0.1542 ---
obs0.1569 23109 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.01 Å2 / Biso mean: 39.3482 Å2 / Biso min: 21.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.02 Å20.81 Å20.36 Å2
2--2.39 Å2-29.84 Å2
3---12.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4007 0 10 178 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.9555578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15838878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.27322.976168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.13115584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2941532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02954
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14664 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 77 -
Rwork0.199 1669 -
all-1746 -
obs--98.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07840.16970.05460.94740.29390.2089-0.04030.0814-0.0543-0.12180.0748-0.104-0.0185-0.0194-0.03450.101-0.02320.00260.1355-0.05070.060129.33822.75254.963
20.3120.03890.37860.14130.07040.4697-0.01460.02960.0105-0.09990.00050.0757-0.0280.01330.0140.0957-0.0039-0.03420.08910.01660.060218.3732.79559.517
31.38451.4651-0.14551.7096-0.03980.1751-0.0470.17430.0181-0.0150.1243-0.0053-0.0052-0.0264-0.07730.0618-0.00280.00570.09270.00150.052828.56727.31670.164
40.9837-0.7897-0.21660.7471-0.23721.66870.0480.0449-0.0116-0.1172-0.03840.03850.2311-0.0366-0.00970.0912-0.0477-0.05930.12840.00470.0872.99617.83658.582
50.18050.15320.14661.16460.0420.5019-0.01660.1364-0.0593-0.08360.0041-0.05850.04220.10890.01250.03210.00250.03680.1248-0.0230.084349.46314.85269.572
60.73590.4951-0.120.78060.16670.2435-0.0163-0.0584-0.10580.02310.0167-0.11080.04620.0952-0.00040.04160.043-0.01620.07210.00770.06849.54113.97585.016
71.26111.15140.14151.1822-0.0380.2719-0.0650.2124-0.0672-0.02470.1841-0.0127-0.01270.0175-0.1190.0676-0.01950.01820.065-0.01180.088637.46220.97777.85
80.49661.1984-1.02132.931-2.35714.79050.0196-0.0123-0.026-0.0490.1049-0.04850.30930.4918-0.12450.03940.03460.00250.26610.00280.132264.41429.06687.206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3A203 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4A240 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5B7 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6B100 - 202
7X-RAY DIFFRACTION7B203 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8B241 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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