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- PDB-4jyi: Crystal structure of RARbeta LBD in complex with selective partia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyi
タイトルCrystal structure of RARbeta LBD in complex with selective partial agonist BMS641 [3-chloro-4-[(E)-2-(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)ethenyl]benzoic acid]
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Retinoic acid receptor beta
キーワードTranscription/Agonist / Ligand binding domain / Nuclear hormone receptor / Transcription-Agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic eye morphogenesis / glandular epithelial cell development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / growth plate cartilage development / embryonic digestive tract development / nuclear glucocorticoid receptor binding / striatum development / neural precursor cell proliferation / labyrinthine layer morphogenesis ...ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic eye morphogenesis / glandular epithelial cell development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / growth plate cartilage development / embryonic digestive tract development / nuclear glucocorticoid receptor binding / striatum development / neural precursor cell proliferation / labyrinthine layer morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of female receptivity / regulation of myelination / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / hypothalamus development / male mating behavior / heterocyclic compound binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / negative regulation of stem cell proliferation / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / neurogenesis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / stem cell proliferation / response to progesterone / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / multicellular organism growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-JYI / Retinoic acid receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nadendla, E.K. / Teyssier, C. / Germain, P. / Delfosse, V. / Bourguet, W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: An Unexpected Mode Of Binding Defines BMS948 as A Full Retinoic Acid Receptor beta (RAR beta , NR1B2) Selective Agonist.
著者: Nadendla, E. / Teyssier, C. / Delfosse, V. / Vivat, V. / Krishnasamy, G. / Gronemeyer, H. / Bourguet, W. / Germain, P.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor beta
B: Retinoic acid receptor beta
F: Nuclear receptor coactivator 1
G: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5977
ポリマ－63,5784
非ポリマー1,0193
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.520, 84.240, 109.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor beta / RAR-beta / HBV-activated protein / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 2 / RAR-epsilon


分子量: 30197.000 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain, UNP residues 176-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARB, HAP, NR1B2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P10826
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1591.880 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 686-698 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-JYI / 3-chloro-4-[(E)-2-(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)ethenyl]benzoic acid


分子量: 414.923 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23ClO2
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細LEU 414 to MET CONFLICT IN UNP ENTRY P10826

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM Tri Sodium Citrate pH 5.5, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.06 Å / Num. obs: 42959 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.9-2.024.13.3368830.382196.1
2.02-2.154.96.1860590.2381100
2.15-2.334.910.3863400.1421100
2.33-2.554.915.555380.092199.9
2.55-2.854.922.1750370.061199.9
2.85-3.294.931.2645290.0411100
3.29-4.024.842.9838130.028199.9
4.02-5.674.750.0330180.026199.5
5.67-48.064.449.417420.025197.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.302 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 2147 5 %random
Rwork0.1965 ---
obs0.198 42949 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.935 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3722 Å20 Å2-0 Å2
2--6.8924 Å20 Å2
3----0.5201 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3874 0 73 443 4390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8955599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5491586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004707
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94450.3151300.27582483X-RAY DIFFRACTION92
1.9445-1.99320.25351400.24292662X-RAY DIFFRACTION99
1.9932-2.04710.3021420.23312695X-RAY DIFFRACTION100
2.0471-2.10730.24811440.22732720X-RAY DIFFRACTION100
2.1073-2.17530.27631430.22622718X-RAY DIFFRACTION100
2.1753-2.2530.26421420.21742699X-RAY DIFFRACTION100
2.253-2.34320.26721430.22642730X-RAY DIFFRACTION100
2.3432-2.44990.22791430.20992705X-RAY DIFFRACTION100
2.4499-2.5790.24891420.20912712X-RAY DIFFRACTION100
2.579-2.74060.20891440.20412729X-RAY DIFFRACTION100
2.7406-2.95210.23681450.20372751X-RAY DIFFRACTION100
2.9521-3.2490.22131450.19672753X-RAY DIFFRACTION100
3.249-3.71890.23841450.18392763X-RAY DIFFRACTION100
3.7189-4.68420.17621480.15372799X-RAY DIFFRACTION100
4.6842-39.3020.21081510.18962883X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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