PDB-4jwv: Crystal Structure of putative short chain enoyl-CoA hydratase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jwv

タイトル

Crystal Structure of putative short chain enoyl-CoA hydratase from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444

要素

Short chain enoyl-CoA hydratase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PFAM PF00378

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cooper, D.R. / Mikolajczak, K. / Cymborowski, M. / Grabowski, M. / Ahmed, M. / Stead, M. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Zimmerman, M. / Bonanno, J.B. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of putative short chain enoyl-CoA hydratase from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444
著者: Cooper, D.R. / Mikolajczak, K. / Cymborowski, M. / Grabowski, M. / Ahmed, M. / Stead, M. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Zimmerman, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W.

履歴

登録	2013年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jwv.cif.gz	201.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jwv.ent.gz	168.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jwv_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jwv_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	4jwv_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	4jwv_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/4jwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/4jwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nzy-1 3tlf-d 3hin-2 2vre-1 1dci-1 2zqr-d 1hzd-d 5wyd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-028051

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Short chain enoyl-CoA hydratase

B: Short chain enoyl-CoA hydratase

60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short chain enoyl-CoA hydratase

B: Short chain enoyl-CoA hydratase

A: Short chain enoyl-CoA hydratase

B: Short chain enoyl-CoA hydratase

A: Short chain enoyl-CoA hydratase

B: Short chain enoyl-CoA hydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.311, 116.311, 116.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-311- HOH
2	1	A-412- HOH
3	1	B-334- HOH
4	1	B-357- HOH
5	1	B-439- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	3 - 256
2	0	1	0	B	3 - 256

詳細

Each monomer in the ASU is 1/3 of a trimer that is 1/2 of a hexamer.

#1: タンパク質	Short chain enoyl-CoA hydratase 分子量: 30318.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_1463 / プラスミド: pSGC-His_L-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q2G8B7, enoyl-CoA hydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Short chain enoyl-CoA hydratase

分子量: 30318.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_1463 / プラスミド: pSGC-His_L-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q2G8B7, enoyl-CoA hydratase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The drop was 200 nl 13.75 mg/ml protein mixed with 200 nl Qiagen Cryos Suite condition A4 (4.25 % isopropanol, 1.7 M Ammonium Sulfate, 15% glycerol). The crystallization reservoir contained ...詳細: The drop was 200 nl 13.75 mg/ml protein mixed with 200 nl Qiagen Cryos Suite condition A4 (4.25 % isopropanol, 1.7 M Ammonium Sulfate, 15% glycerol). The crystallization reservoir contained only 1.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The drop was 200 nl 13.75 mg/ml protein mixed with 200 nl Qiagen Cryos Suite condition A4 (4.25 % isopropanol, 1.7 M Ammonium Sulfate, 15% glycerol). The crystallization reservoir contained ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月9日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 11.1 % / Av σ(I) over netI: 35.66 / 数: 458154 / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 0.92 / D res high: 1.9 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 41251 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.15	40	99.8	1	0.032	0.544	11.6
4.09	5.15	100	1	0.065	1.351	12.3
3.58	4.09	100	1	0.071	1.421	12.4
3.25	3.58	100	1	0.065	0.989	12.4
3.02	3.25	100	1	0.073	0.896	12.5
2.84	3.02	100	1	0.095	0.919	12.5
2.7	2.84	100	1	0.121	0.901	12.5
2.58	2.7	100	1	0.151	0.894	12.5
2.48	2.58	100	1	0.196	0.901	12.5
2.39	2.48	100	1	0.235	0.879	12.5
2.32	2.39	100	1	0.278	0.89	12.5
2.25	2.32	100	1	0.359	0.867	12.5
2.19	2.25	100	1	0.435	0.861	12.5
2.14	2.19	100	1	0.548	0.839	12.4
2.09	2.14	100	1	0.642	0.858	12.3
2.05	2.09	100	1	0.791	0.868	10.1
2.01	2.05	97.8	1	0.881	0.815	8.3
1.97	2.01	97.4	1		0.792	6.9
1.93	1.97	97.6	1		0.795	5.7
1.9	1.93	97.7	1		0.828	4.8

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 30946 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.721 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	12	0.773	1525	0.501	1	100
2.14-2.18	12.2	0.713	1518	0.509	1	100
2.18-2.22	12.4	0.634	1517	0.516	1	100
2.22-2.26	12.4	0.538	1548	0.55	1	100
2.26-2.31	12.5	0.458	1531	0.573	1	100
2.31-2.37	12.5	0.382	1521	0.605	1	100
2.37-2.42	12.5	0.336	1566	0.65	1	100
2.42-2.49	12.5	0.288	1517	0.696	1	100
2.49-2.56	12.5	0.25	1512	0.732	1	100
2.56-2.65	12.5	0.207	1556	0.827	1	100
2.65-2.74	12.6	0.179	1541	0.934	1	100
2.74-2.85	12.5	0.15	1532	1.112	1	100
2.85-2.98	12.5	0.133	1551	1.38	1	100
2.98-3.14	12.5	0.105	1557	1.618	1	100
3.14-3.33	12.4	0.096	1532	2.093	1	100
3.33-3.59	12.3	0.085	1541	2.752	1	100
3.59-3.95	12	0.082	1566	3.803	1	100
3.95-4.52	11.6	0.075	1564	4.372	1	100
4.52-5.7	11.7	0.072	1594	4.758	1	100
5.7-40	11.1	0.067	1657	5.887	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→38.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.1731 / WR_factor R_work: 0.1394 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.9125 / SU B: 6.302 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.1711 / SU R_free: 0.1437 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1793	1552	5 %	RANDOM
R_work	0.141	-	-	-
obs	0.1429	30862	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.25 Å² / B_iso mean: 35.1945 Å² / B_iso min: 20.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3767	0	0	348	4115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.97	5212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.101	3	8559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.129	5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.834	23.688	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.736	15	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.963	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	853

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14449 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	96	-
R_work	0.156	2171	-
all	-	2267	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5364	-0.0625	-0.1042	0.5284	-0.0844	0.5158	-0.0148	0.028	-0.1441	-0.0701	-0.0029	-0.0539	0.0903	0.0451	0.0178	0.0795	0.021	0.0218	0.0476	-0.0121	0.0963	34.994	8.359	21.153
2	0.4505	0.1891	-0.024	0.5919	-0.09	0.4076	-0.007	0.0055	-0.0596	-0.0272	0.0095	-0.1551	-0.0014	0.0605	-0.0025	0.0193	0.0089	0.0085	0.0392	0.0027	0.089	57.244	32.095	38.748

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 257
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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