PDB-4jus: Crystal structure of a fragment of Human HSPB6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jus

タイトル

Crystal structure of a fragment of Human HSPB6

要素

Heat shock protein beta-6

キーワード

CHAPERONE / Small heat shock protein / alpha-crystallin domain

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Weeks, S.D. / Baranova, E.V. / Beelen, S. / Heirbaut, M. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Molecular structure and dynamics of the dimeric human small heat shock protein HSPB6.
著者: Weeks, S.D. / Baranova, E.V. / Heirbaut, M. / Beelen, S. / Shkumatov, A.V. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.

履歴

登録	2013年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jus.cif.gz	141.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jus.ent.gz	113 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jus_validation.pdf.gz	503.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jus_full_validation.pdf.gz	512.8 KB	表示
XML形式データ	4jus_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	4jus_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4jus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4jus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jutC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zq6-2 1h0i-2 5fib-2 5zxd-2 7jws-d 1w1p-2 6r2t-d 4wb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock protein beta-6

B: Heat shock protein beta-6

C: Heat shock protein beta-6

D: Heat shock protein beta-6

E: Heat shock protein beta-6

F: Heat shock protein beta-6

G: Heat shock protein beta-6

H: Heat shock protein beta-6

ヘテロ分子

88.4 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein beta-6

B: Heat shock protein beta-6

C: Heat shock protein beta-6

D: Heat shock protein beta-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Heat shock protein beta-6

F: Heat shock protein beta-6

G: Heat shock protein beta-6

H: Heat shock protein beta-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.592, 31.176, 152.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-208- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 74:146 ) and (not resseq 100)...
2	1	chain E and (resseq 74:146 ) and (not element H) and (not element D)
1	2	chain C and (resseq 74:123 or resseq 133:146 ) and (not element H) and (not element D)
2	2	chain G and (resseq 74:123 or resseq 133:146 ) and (not element H) and (not element D)
1	3	chain D and (resseq 73:125 or resseq 127:146 ) and (not element H) and (not element D)
2	3	chain H and (resseq 73:125 or resseq 127:146 ) and (not element H) and (not element D)
1	4	chain B and (resseq 73:123 or resseq 132:147 ) and (not element H) and (not element D)
2	4	chain F and (resseq 73:123 or resseq 132:147 ) and (not element H) and (not element D)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 74:146 ) and (not resseq 100)...	A	0
2	1	1	chain 'E' and (resseq 74:146 ) and (not element H) and (not element D)	E	0
1	1	2	chain 'C' and (resseq 74:123 or resseq 133:146 ) and (not element H) and (not element D)	C	74 - 123
1	2	2	chain 'C' and (resseq 74:123 or resseq 133:146 ) and (not element H) and (not element D)	C	133 - 146
2	1	2	chain 'G' and (resseq 74:123 or resseq 133:146 ) and (not element H) and (not element D)	G	74 - 123
2	2	2	chain 'G' and (resseq 74:123 or resseq 133:146 ) and (not element H) and (not element D)	G	133 - 146
1	1	3	chain 'D' and (resseq 73:125 or resseq 127:146 ) and (not element H) and (not element D)	D	73 - 125
1	2	3	chain 'D' and (resseq 73:125 or resseq 127:146 ) and (not element H) and (not element D)	D	127 - 146
2	1	3	chain 'H' and (resseq 73:125 or resseq 127:146 ) and (not element H) and (not element D)	H	73 - 125
2	2	3	chain 'H' and (resseq 73:125 or resseq 127:146 ) and (not element H) and (not element D)	H	127 - 146
1	1	4	chain 'B' and (resseq 73:123 or resseq 132:147 ) and (not element H) and (not element D)	B	73 - 123
1	2	4	chain 'B' and (resseq 73:123 or resseq 132:147 ) and (not element H) and (not element D)	B	132 - 147
2	1	4	chain 'F' and (resseq 73:123 or resseq 132:147 ) and (not element H) and (not element D)	F	73 - 123
2	2	4	chain 'F' and (resseq 73:123 or resseq 132:147 ) and (not element H) and (not element D)	F	132 - 147

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Heat shock protein beta-6 / HspB6 / Heat shock 20 kDa-like protein p20 分子量: 11032.407 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 57-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB6 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O14558
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.48 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M ammonium citrate, 21% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月26日

放射

モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30.633 Å / Num. all: 27616 / Num. obs: 27616 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.64	3.4	0.659	0.556	1.4	13663	3993	0.35	0.659	0.556	2.3	99.8
2.64-2.8	3.5	0.435	0.368	2.1	13269	3779	0.229	0.435	0.368	3.6	99.8
2.8-2.99	3.6	0.314	0.266	2.9	12601	3522	0.165	0.314	0.266	5	99.7
2.99-3.23	3.6	0.22	0.187	4.1	11966	3323	0.115	0.22	0.187	6.9	99.9
3.23-3.54	3.6	0.118	0.1	7.7	10932	3070	0.062	0.118	0.1	11.7	99.4
3.54-3.95	3.5	0.085	0.072	10.6	9796	2781	0.045	0.085	0.072	15.9	99.5
3.95-4.56	3.5	0.056	0.048	14.6	8554	2452	0.03	0.056	0.048	22	99.3
4.56-5.59	3.4	0.054	0.045	15.6	7092	2079	0.029	0.054	0.045	23.2	99.3
5.59-7.91	3.3	0.056	0.046	15.6	5632	1682	0.03	0.056	0.046	20.7	99.2
7.91-30.633	3.2	0.03	0.025	19.7	3018	935	0.017	0.03	0.025	30	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→30.633 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2678	1383	5.01 %	Random
R_work	0.2091	-	-	-
all	0.212	27607	-	-
obs	0.212	27607	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.622 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.38 Å² / B_iso mean: 47.1241 Å² / B_iso min: 17.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4645 Å²	-0 Å²	-14.8615 Å²
2-	-	-12.9295 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.465 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5211	0	12	83	5306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	7315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	974
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.555	1945

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	550	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	2	E	550	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
2	1	C	516	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
2	2	G	516	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
3	1	D	579	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
3	2	H	579	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
4	1	B	537	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
4	2	F	537	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.5893	0.3198	139	0.2808	2624	2763	100
2.5893-2.693	0.4088	133	0.272	2528	2661	100
2.693-2.8154	0.3513	139	0.2539	2634	2773	100
2.8154-2.9638	0.3027	134	0.2268	2537	2671	100
2.9638-3.1493	0.2731	139	0.2128	2635	2774	100
3.1493-3.3922	0.2406	136	0.1861	2607	2743	99
3.3922-3.733	0.2144	138	0.1879	2607	2745	100
3.733-4.2719	0.2732	140	0.1991	2629	2769	99
4.2719-5.3774	0.2553	139	0.2013	2651	2790	99
5.3774-30.6356	0.3236	146	0.2555	2772	2918	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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