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- PDB-4jqv: HLA-B*18:01 in complex with Epstein-Barr virus BZLF1-derived pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jqv
タイトルHLA-B*18:01 in complex with Epstein-Barr virus BZLF1-derived peptide (residues 173-180)
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-18 alpha chain
  • Trans-activator protein BZLF1転写因子
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold / antigen presentation (抗原提示) / t-cell receptor (T細胞受容体) / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / secretory granule membrane ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / secretory granule membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / 獲得免疫系 / amyloid fibril formation / learning or memory / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / DNA-binding transcription factor activity / lysosomal membrane / 小胞体 / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Β2-ミクログロブリン / Lytic switch protein BZLF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Theodossis, A. / Welland, A. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: HLA Peptide Length Preferences Control CD8+ T Cell Responses.
著者: Rist, M.J. / Theodossis, A. / Croft, N.P. / Neller, M.A. / Welland, A. / Chen, Z. / Sullivan, L.C. / Burrows, J.M. / Miles, J.J. / Brennan, R.M. / Gras, S. / Khanna, R. / Brooks, A.G. / ...著者: Rist, M.J. / Theodossis, A. / Croft, N.P. / Neller, M.A. / Welland, A. / Chen, Z. / Sullivan, L.C. / Burrows, J.M. / Miles, J.J. / Brennan, R.M. / Gras, S. / Khanna, R. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Burrows, S.R.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-18 alpha chain
C: Beta-2-microglobulin
B: Trans-activator protein BZLF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7684
ポリマ－44,7093
非ポリマー591
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.848, 81.251, 110.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-18 alpha chain / MHC class I antigen B*18


分子量: 31922.047 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domains (UNP residues 25-302) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30466, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: mature protein (UNP residues 21-119) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Trans-activator protein BZLF1 / 転写因子 / EB1 / Zebra


分子量: 1039.183 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 173-180 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q3KSS8
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M citrate, pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 16-26% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.22 Å / Num. all: 73568 / Num. obs: 73568 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10522 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SYS

1sys


解像度: 1.5→40.626 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2142 3713 5.05 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.1907 73505 98.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.252 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8621 Å20 Å20 Å2
2---1.4667 Å2-0 Å2
3---3.3288 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3141 0 4 422 3567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0674469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6671241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5190.31291180.29182567X-RAY DIFFRACTION99
1.519-1.5390.29611330.27652483X-RAY DIFFRACTION97
1.539-1.56010.27731360.26332552X-RAY DIFFRACTION100
1.5601-1.58230.28811360.23542538X-RAY DIFFRACTION98
1.5823-1.6060.24341370.22722545X-RAY DIFFRACTION99
1.606-1.63110.25071460.22382534X-RAY DIFFRACTION98
1.6311-1.65780.24511370.22152542X-RAY DIFFRACTION99
1.6578-1.68640.25951370.2132541X-RAY DIFFRACTION99
1.6864-1.71710.23611240.20772571X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.75010.25941250.19652559X-RAY DIFFRACTION98
1.7501-1.78580.20991530.19322556X-RAY DIFFRACTION99
1.7858-1.82460.21441400.192531X-RAY DIFFRACTION98
1.8246-1.86710.26311340.19452579X-RAY DIFFRACTION100
1.8671-1.91380.23291390.18792579X-RAY DIFFRACTION99
1.9138-1.96550.22651290.18062594X-RAY DIFFRACTION99
1.9655-2.02340.22481470.18352566X-RAY DIFFRACTION100
2.0234-2.08870.19341140.18312608X-RAY DIFFRACTION99
2.0887-2.16330.20511450.18112574X-RAY DIFFRACTION99
2.1633-2.24990.19911530.18142584X-RAY DIFFRACTION99
2.2499-2.35230.19321510.17792579X-RAY DIFFRACTION99
2.3523-2.47630.21921520.19532597X-RAY DIFFRACTION99
2.4763-2.63140.21731280.18852630X-RAY DIFFRACTION99
2.6314-2.83460.19881330.19672636X-RAY DIFFRACTION99
2.8346-3.11970.19381330.18482640X-RAY DIFFRACTION99
3.1197-3.57090.18631340.17212653X-RAY DIFFRACTION99
3.5709-4.4980.16131300.15312676X-RAY DIFFRACTION99
4.498-40.64050.24891690.20282778X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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