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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jp5
タイトルX-ray structure of uridine phosphorylase from Yersinia pseudotuberculosis in unliganded state at 2.27 A resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / uridine / phosphate ion
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / UMP salvage / nucleoside metabolic process / uridine phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Balaev, V.V. / Lashkov, A.A. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of uridine phosphorylase from Yersinia pseudotuberculosis in unliganded state at 2.27 A resolution
著者: Balaev, V.V. / Lashkov, A.A. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,21612
ポリマ－162,7506
非ポリマー4666
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20640 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area46240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.750, 93.750, 146.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 27124.955 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 16-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: udp, y0444, YP_3263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8D1I4, uridine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10mM Tris HCl, 0.1M Tris-maleate-NaOH,20% (w/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射モノクロメーター: Large Offset Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.626
11-H-K, K, -L20.374
反射解像度: 2.27→48.86 Å / Num. all: 66646 / Num. obs: 65380 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 43.597 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.27-2.450.380.9281.55492013641124621.05291.4
2.45-2.60.6780.612.7846744868686830.676100
2.6-2.80.8220.4223.9344926882088070.47199.9
2.8-30.9140.2836.1236159663566320.314100
3-3.50.9770.1511.015559610653106380.16799.9
3.5-40.9920.0820.2632790599459930.089100
4-60.9970.04930.2745641858785800.05599.9
6-100.9990.03538.6314622281228080.03999.9
10-200.9990.02651.8534626886880.029100
20-300.9990.02457.6229568680.028100
30-48.860.9990.02343.485230210.02870

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBE(ESRF)データ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DPS

3dps


解像度: 2.27→48.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.1788 / WRfactor Rwork: 0.1604 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8699 / SU B: 4.655 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.0715 / SU Rfree: 0.0424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 3197 4.9 %RANDOM
Rwork0.1781 ---
all0.1792 65379 --
obs0.1792 65379 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.9 Å2 / Biso mean: 35.5649 Å2 / Biso min: 4.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.92 Å20 Å20 Å2
2---2.92 Å20 Å2
3---5.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→48.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10788 0 29 463 11280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02111024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9041.94514950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.55251435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.05323.523440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1151802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9621573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.191.57129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.341211462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.22333895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3814.53486
LS精密化 シェル解像度: 2.269→2.328 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 190 -
Rwork0.279 3533 -
all-3723 -
obs--75.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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