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- PDB-4jp3: Crystal Structure of TT0495 protein from Thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jp3
タイトルCrystal Structure of TT0495 protein from Thermus thermophilus HB8
要素2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pampa, K.J. / Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / Ravishnkar Rai, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The first crystal structure of NAD-dependent 3-dehydro-2-deoxy-D-gluconate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8
著者: Pampa, K.J. / Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / Ravishnkar Rai, V.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8952
ポリマ－25,7031
非ポリマー1921
水5,837324
1
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7904
ポリマ－51,4052
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
2
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7904
ポリマ－51,4052
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
Buried area3780 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
3
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5798
ポリマ－102,8114
非ポリマー7684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area14900 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.940, 86.870, 91.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase


分子量: 25702.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q53W82
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.9
詳細: 15% PEG 2000, 1.1M MgCl2, 0.1M NaCl, pH 7.9, EVAPORATION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9741 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月18日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 42860 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 13 Å2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1x1e

1x1e


解像度: 1.5→34.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1792496.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 2145 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.164 42847 99.1 %-
all-43144 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.6891 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----0.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 13 324 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 348 5.1 %
Rwork0.227 6463 -
obs--95.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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