PDB-4jl5: A high resolution structure of Aquifex Adenylate kinase with 2 ADP's

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jl5

タイトル

A high resolution structure of Aquifex Adenylate kinase with 2 ADP's

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / phosphoryl transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity /

UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process /

adenylate kinase /

adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process /

nucleoside diphosphate kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Cho, Y.-J. / Kern, D.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The energy landscape of adenylate kinase during catalysis.
著者: Kerns, S.J. / Agafonov, R.V. / Cho, Y.J. / Pontiggia, F. / Otten, R. / Pachov, D.V. / Kutter, S. / Phung, L.A. / Murphy, P.N. / Thai, V. / Alber, T. / Hagan, M.F. / Kern, D.

履歴

登録	2013年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jl5.cif.gz	285.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jl5.ent.gz	236.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sr0C 4cf7C 4jkyC 4jl6C 4jl8C 4jlaC 4jlbC 4jldC 4jloC 4jlpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jlp-1 4cf7-2 4jky-2 4jla-1 4jlo-1 4jl6-1 4jlb-2 4jlp-2 4jl8-1 3sr0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.170, 69.560, 85.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 22982.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: adk, aq_078 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66490, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 0.2M Ammonium Acetate, 30% w/v Polyethylene Glycol 4000, 20mM MgCl2, 20mM ADP , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99186 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99186 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→28.96 Å / Num. all: 1560689 / Num. obs: 111370 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.24→28.96 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1585	5580	5.01 %
R_work	0.1303	-	-
obs	0.1317	111278	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.743 Å² / k_sol: 0.441 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2067 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.2033 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→28.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	108	797	4141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.501	5112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.265	1522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	656

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.2541	0.2126	158	0.1572	3166	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2541-1.2688	0.2167	178	0.1546	3301	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2688-1.2843	0.1868	178	0.1423	3484	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2843-1.3006	0.1954	196	0.1333	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3006-1.3177	0.1824	192	0.1238	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3177-1.3357	0.1694	186	0.1183	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3357-1.3548	0.1712	196	0.1207	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3548-1.375	0.1859	185	0.1183	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.375-1.3965	0.1583	174	0.1153	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3965-1.4194	0.1556	184	0.1117	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4194-1.4439	0.1849	201	0.112	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4439-1.4702	0.15	185	0.1123	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4702-1.4984	0.1488	191	0.1094	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4984-1.529	0.1418	189	0.1088	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.529-1.5623	0.1594	159	0.1092	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5623-1.5986	0.1335	176	0.1042	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5986-1.6386	0.1509	183	0.1053	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6386-1.6829	0.1372	182	0.1099	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6829-1.7324	0.1545	187	0.1147	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7324-1.7883	0.1552	171	0.1161	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7883-1.8522	0.1354	207	0.1254	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8522-1.9263	0.1478	191	0.1275	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9263-2.014	0.1448	193	0.1224	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.014-2.1201	0.1473	207	0.1254	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1201-2.2529	0.1475	173	0.129	3580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2529-2.4268	0.1636	200	0.1277	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4268-2.6709	0.1633	167	0.1417	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6709-3.057	0.1626	211	0.146	3572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.057-3.8501	0.1721	181	0.1385	3671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8501-28.9694	0.1549	199	0.1519	3760	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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