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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jky | ||||||
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タイトル | Cobalt between two ADP's in the active site of adenylate kinase | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / phosphoryl transfer reaction / Cobalt binding (コバルト) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.373 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, Y.-J. / Kern, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: The energy landscape of adenylate kinase during catalysis. 著者: Kerns, S.J. / Agafonov, R.V. / Cho, Y.J. / Pontiggia, F. / Otten, R. / Pachov, D.V. / Kutter, S. / Phung, L.A. / Murphy, P.N. / Thai, V. / Alber, T. / Hagan, M.F. / Kern, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jky.cif.gz | 97.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jky.ent.gz | 76.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jky.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jky | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22982.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: adk, aq_078 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66490, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 0.2M Ammonium Acetate, 30% w/v Polyethylene Glycol 4000, ADP(17.3mM) and CoCl2(41.2mM), pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.6086 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.6086 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→56.28 Å / Num. all: 33838 / Num. obs: 18108 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 39.23 Å2 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.373→53.463 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.7834 / SU ML: 0.78 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.056 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.33 Å2 / Biso mean: 41.5628 Å2 / Biso min: 15.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.373→53.463 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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