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万見
- PDB-4jko: Crystal structure of a catalytic mutant of Axe2 (Axe2_S15A), an a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jko
タイトルCrystal structure of a catalytic mutant of Axe2 (Axe2_S15A), an acetylxylan esterase from Geobacillus stearothermophilus
要素Acetyl xylan esterase
キーワードHYDROLASE / SGNH hydrolase fold / Acetylxylan Esterase / Catalytic mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / xylan catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Acetylxylan esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Azulay, D. / Lansky, S. / Alalouf, O. / Solomon, V. / Alhassid, A. / Belrahli, H. / Govada, L. / Chayan, N.E. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A unique octameric structure of Axe2, an intracellular acetyl-xylooligosaccharide esterase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Lansky, S. / Alalouf, O. / Solomon, H.V. / Alhassid, A. / Govada, L. / Chayen, N.E. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,49912
ポリマ－49,5692
非ポリマー93010
水9,422523
1
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子

A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子

A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子

A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,99548
ポリマ－198,2768
非ポリマー3,71840
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30810 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area59600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.941, 109.941, 213.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-646-

HOH

21A-649-

HOH

31B-417-

HOH

41B-514-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acetyl xylan esterase


分子量: 24784.527 Da / 分子数: 2 / 変異: S15A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: axe2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09LX1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.25 M NaH2PO4/1.0 M K2HPO4, 0.1 M imidazole buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月13日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34.79 Å / Num. all: 54266 / Num. obs: 51640 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 %
反射 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / % possible all: 99.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→34.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1856 / WRfactor Rwork: 0.1438 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8807 / SU B: 2.678 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.1022 / SU Rfree: 0.1055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1884 2626 5.1 %RANDOM
Rwork0.1488 ---
obs0.1508 51640 99.75 %-
all-54266 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.15 Å2 / Biso mean: 32.4848 Å2 / Biso min: 14.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å2-0 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 57 523 4068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0193662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1351.9724960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96938172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2115452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31823.413167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57415636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.371530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02839
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 170 -
Rwork0.265 3521 -
all-3691 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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