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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jj6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a catalytic mutant of Axe2 (Axe2-H194A), an acetylxylan esterase from Geobacillus stearothermophilus | ||||||
要素 | Acetyl xylan esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SGNH hydrolase fold / Acetylxylan Esterase (アセチルキシランエステラーゼ) / Catalytic Mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アセチルキシランエステラーゼ / acetylxylan esterase activity / lysophospholipase activity / xylan catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lansky, S. / Alalouf, O. / Solomon, V. / Alhassid, A. / Belrahli, H. / Govada, L. / Chayan, N.E. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: To be published 著者: Lansky, S. / Alalouf, O. / Solomon, V. / Alhassid, A. / Belrahli, H. / Govada, L. / Chayan, N.E. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jj6.cif.gz | 112 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jj6.ent.gz | 87.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/4jj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/4jj6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24733.459 Da / 分子数: 2 / 変異: H194A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: axe2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09LX1 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0-1.4 M K/Na tartrate, 0.3 M NaCl, 0.1 M imidazole buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.954 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→29.86 Å / Num. all: 60800 / Num. obs: 60764 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / % possible all: 99.92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.1802 / WRfactor Rwork: 0.1436 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8718 / SU B: 2.301 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.0857 / SU Rfree: 0.0905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.6 Å2 / Biso mean: 32.9124 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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