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- PDB-4jgp: The crystal structure of sporulation kinase D sensor domain from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgp
タイトルThe crystal structure of sporulation kinase D sensor domain from Bacillus subtilis subsp in complex with pyruvate at 2.0A resolution
要素Sporulation kinase D
キーワードTRANSFERASE / PAS-like fold / Histidine kinase / Extracytoplasmic / alpha-beta-alpha structure / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain ...Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / Sporulation kinase D
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Wu, R. / Schiffer, M. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Insight into the sporulation phosphorelay: Crystal structure of the sensor domain of Bacillus subtilis histidine kinase, KinD.
著者: Wu, R. / Gu, M. / Wilton, R. / Babnigg, G. / Kim, Y. / Pokkuluri, P.R. / Szurmant, H. / Joachimiak, A. / Schiffer, M.
履歴
登録2013年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年5月15日ID: 4DAH
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sporulation kinase D
B: Sporulation kinase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3294
ポリマ－49,1532
非ポリマー1762
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.374, 82.151, 90.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sporulation kinase D / Sensor histidine kinase D


分子量: 24576.283 Da / 分子数: 2 / 断片: Sensor domain (UNP residues 37-250) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU13660, kinD, ykvD / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 MAGIC / 参照: UniProt: O31671, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE:HCL AND 30% (W/V) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111, CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 36578 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→37.42 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 3161 5.01 %
Rwork0.179 --
obs0.181 63152 88.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.17 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0188 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6011 Å2-0 Å2
3---0.5823 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→37.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3242 0 12 298 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0434609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8921293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004585
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0315-2.06180.2072880.1911573166153
2.0618-2.09410.2024820.18181751183360
2.0941-2.12840.23981050.18321901200665
2.1284-2.16510.2312950.18172086218170
2.1651-2.20450.21121130.18892175228874
2.2045-2.24680.22651240.19662325254979
2.2468-2.29270.25791310.19482487261885
2.2927-2.34250.24731450.19252572271788
2.3425-2.3970.22761410.17882678279191
2.397-2.4570.22331400.19532730287093
2.457-2.52340.24141420.1872825296796
2.5234-2.59760.23411480.20772856300497
2.5976-2.68140.25441700.19212840301098
2.6814-2.77720.27981570.20512895305299
2.7772-2.88840.27681420.18862951309399
2.8884-3.01980.22441770.194529123089100
3.0198-3.17890.21531600.189429053065100
3.1789-3.3780.25341430.184229563099100
3.378-3.63860.21111600.182629233065100
3.6386-4.00440.21441630.162229433106100
4.0044-4.5830.17161270.13829443071100
4.583-5.77060.14751630.149129433106100
5.7706-37.42210.1961450.19412820296596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1513-0.94840.22291.3713-0.16220.82320.24670.2465-0.1584-0.1892-0.19910.03970.0185-0.02620.05720.20720.1224-0.03780.1889-0.0290.132973.412762.3588-21.1014
21.2349-0.30710.522.215-0.33671.1961-0.0061-0.0142-0.1330.02320.01820.3533-0.0643-0.24140.04790.14390.0615-0.00210.23160.02340.179556.162977.5172-24.5232
31.6443-1.37330.10061.5156-0.19821.1038-0.1152-0.0957-0.12240.08270.0911-0.01790.03630.01360.02080.09780.03230.03070.1140.00630.116272.854163.37922.6924
41.6767-0.46240.0591.7216-0.06561.42230.0251-0.03120.2060.04480.0047-0.1674-0.254-0.00490.00680.13790.02220.04090.090.00070.123861.863183.37965.6791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 42:182 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 183:244 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 40:182 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 183:245 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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